Il s'agit de l'application Linux nommée CRUMp à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous crump-0.2.0.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée CRUMp pour fonctionner gratuitement sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CRUMp pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
CRUMp est basé sur une méthode d'apprentissage basée sur le noyau appelée Classification Pertinence Units Machine (CRUM). Étant donné un ensemble d'entrées de séquences protéiques au format FASTA, le système génère la position, le type de résidu (S, T ou Y) et la probabilité estimée que chaque site testé soit phosphorylable.Derniers fichiers téléchargeables :
- crump-0.2.0.tar.gz : paquet CRUMp GNU Octave
- crump-0.2.0.zip : script CRUMp MATLAB
- crumptestset.fasta : Un ensemble de données de test au format FASTA. Les en-têtes de séquence répertorient le numéro d'accession de la séquence protéique et les numéros de position des sites de phosphorylation connus. Notez que CRUMp peut prédire des sites de phosphorylation supplémentaires qui n'ont pas encore été vérifiés expérimentalement.
L'ensemble de données de test provient de Biswas et al. 2010, http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/273/additional.
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
MATLAB
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/crump/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
