Il s'agit de l'application Linux nommée CupidTool dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom 3PrimeUTR_20491transcripts_18093genes.txt.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée CupidTool avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CupidonOutil
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DESCRIPTION
Chiu et. al., Recherche Génome 2014Cupidon est une méthode de prédiction simultanée des interactions miARN-cible et de leurs interactions ARN endogène compétitif (ARNce) à médiation.
Nous avons montré que notre approche intégrative améliore considérablement la précision de la prédiction des miARN-cibles, telle qu'évaluée par les mesures des niveaux d'ARNm et de protéines dans les lignées cellulaires du cancer du sein.
Cupidon est mis en œuvre en 3 étapes :
Étape 1 : réévaluer les sites de liaison des miARN candidats dans les UTR 3', comme l'ont déduit TargetScan, miRanda et PITA en intégrant leurs scores, leur emplacement dans l'UTR 3' et la conservation des espèces.
Étape 2: les interactions sont prédites en intégrant des informations sur les sites sélectionnés, leur multiplicité et la dépendance statistique entre les profils d'expression des miARN et des cibles putatives. Les probabilités pour chaque caractéristique prédictive sont calculées sur la base d'un ensemble d'étalons-or positifs.
Étape 3 : Cupidon évalue si les cibles inférées rivalisent pour les régulateurs de miARN prédits.
Audience
Industrie de la santé, Science/Recherche, Ingénierie
Langage de programmation
MATLAB
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/cupidtool/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
