Il s'agit de l'application Linux nommée Digital Expression sur le Web à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom dew_RC2.tar.bz2. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Digital Expression sur le Web pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
Expression numérique sur le Web à exécuter sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
DEW est une plate-forme qui permet aux utilisateurs d'explorer les données RNA-Seq. Une interface utilisateur graphique basée sur le Web est incluse.L'analyse se déroule ainsi : des alignements avec écart sont effectués et corrigés pour la longueur, la PCR et le biais de fragment afin qu'un Fragment par kilobase (effectif) par million de lectures (FPKM) soit estimé ainsi que les lectures plus simples par Kb par million de lectures ( RPKM). Lorsqu'elles sont fournies avec de multiples isoformes et en mode « contextuel », les corrections comprennent un algorithme de maximisation des attentes qui estime les profils d'expression efficaces et un alignement corrigé est produit. Pour chaque gène fourni par l'utilisateur, DEW calcule les statistiques descriptives de couverture (RPKM, FKMP et nombres corrigés totaux, moyens et médians), les profils d'expression (normalisés en R/FPKM et moyenne tronquée du changement de pli). DEW permet aux utilisateurs d'explorer les données en fournissant des graphiques interactifs.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Basée sur le Web
Langage de programmation
Perl, JavaScript, S/R
Environnement de base de données
SQLite
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/dew/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
