Il s'agit de l'application Linux nommée Exact Subgraph Matching Algorithm dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom esm-1.0.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Exact Subgraph Matching Algorithm avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
Algorithme de correspondance de sous-graphes exacts
Ad
DESCRIPTION
Le problème d'appariement de sous-graphes (isomorphisme de sous-graphes) est NP-complet. Nous avons conçu un algorithme de correspondance exacte de sous-graphes (ESM) simple pour les graphes de dépendance en utilisant une approche de retour en arrière. La complexité totale de l'algorithme dans le pire des cas est O(n^2 * k^n) où n est le nombre de sommets et k est le degré de sommet.
Nous avons démontré l'utilisation réussie de notre algorithme dans trois applications d'extraction d'événements et de relations biomédicales : les tâches partagées BioNLP 2011 sur l'extraction d'événements, la détection d'association protéine-résidus et l'identification d'interaction protéine-protéine.
Cette implémentation Java implémente notre algorithme ESM. Voir le fichier README : https://sourceforge.net/projects/esmalgorithm/files/
Si vous utilisez notre implémentation ESM pour soutenir la recherche universitaire, veuillez citer le document suivant :
Haibin Liu, Vlado Keselj et Christian Blouin. Exploration d'une approche de correspondance de sous-graphes pour extraire des événements biologiques de la littérature. Intelligence computationnelle, 2013.
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Java
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/esmalgorithm/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
