Il s'agit de l'application Linux nommée FastQC dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom v0.12.1sourcecode.zip. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée FastQC avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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CQ rapide
DESCRIPTION
FastQC est un outil d'analyse de contrôle de la qualité conçu pour repérer les problèmes potentiels dans les ensembles de données de séquençage à haut débit. Son objectif est de fournir un moyen simple de vérifier la qualité des données de séquence brutes provenant de pipelines de séquençage à haut débit. Pour ce faire, il exécute un ensemble modulaire d'analyses sur un ou plusieurs fichiers de séquence brute au format fastq ou bam. Il produit ensuite un rapport résumant les résultats et mettant en évidence tous les domaines où la bibliothèque peut sembler inhabituelle. Cela devrait ensuite vous diriger vers les endroits où vos données peuvent avoir des problèmes et vous permettre de prendre les mesures nécessaires pour les corriger avant de procéder à une analyse plus approfondie.
FastQC n'est lié à aucun type spécifique de technique de séquençage, il peut donc être utilisé pour examiner des bibliothèques de différents types d'expériences (séquençage génomique, ChIP-Seq, RNA-Seq, BS-Seq, etc.).
Caractéristiques
- Importe des données à partir de fichiers BAM, SAM ou FastQ
- Offre un aperçu rapide qui met en évidence les problèmes potentiels
- Graphiques et tableaux récapitulatifs pour une évaluation rapide des données
- Exporter les résultats au format HTML
- Peut être utilisé hors ligne
Langage de programmation
Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/fastqc.mirror/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
