Il s'agit de l'application Linux nommée FishingCNV dont la dernière version peut être téléchargée sous FishingCNV_1.5.3.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée FishingCNV avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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PêcheCNV
DESCRIPTION
FishingCNV, un outil logiciel développé à l'Université McGill, est un outil d'analyse complète des variations du nombre de copies rares dans les données de séquençage d'exome à haut débit. Les entrées sont des fichiers de couverture standard produits par Genome Analysis ToolKit (GATK), et la sortie est un fichier contenant des CNV putatifs.
Le programme est disponible en 2 versions différentes
* Version de l'interface graphique (FishingCNV_X.XXzip)
* Version en ligne de commande (FishingCNV_X.X_pipeline)
Parcourez nos fichiers pour trouver les différentes versions.
Fonctionnalités
- Interface utilisateur graphique
- Analyse CNV pour test/témoin apparié (par exemple cancer/tumeur)
- Analyse CNV pour les échantillons non appariés
- Suppression de l'effet batch dans le jeu de contrôle
- La sortie délimitée par des tabulations peut être visualisée dans Excel
- Un fichier de sortie supplémentaire peut être visualisé dans IGV
- Diagrammes de distribution et diagrammes de valeurs aberrantes pour chaque chromosome
Audience
Science/Recherche, Éducation
Interface utilisateur
Balançoire Java
Langage de programmation
Java, S/R
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/fishingcnv/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
