Il s'agit de l'application Linux nommée FOCUS dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom FOCUS_0.31_python_2.7.XX.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée FOCUS avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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FOCUS
DESCRIPTION
FOCUS, une composition innovante et agile basée sur l'utilisation des moindres carrés non négatifs pour profiler et signaler les organismes abondants présents dans les échantillons métagénomiques et leur abondance relative sans dépendances de longueur de séquence. Le programme a été testé avec des métagénomes simulés et réels, et les résultats montrent que notre approche prédit les organismes dans des communautés aléatoires.Disponibilité et implémentation : Le code implémenté en Python peut être trouvé ici et un serveur Web à l'adresse http://edwards.sdsu.edu/FOCUS.
Dépendances : Jellyfish, Numpy et Scipy.
Citer FOCUS
Silva, GGZ, DA Cuevas, BE Dutilh et RA Edwards, 2014 : FOCUS : un modèle sans alignement pour identifier les organismes dans les métagénomes à l'aide des moindres carrés non négatifs. PeerJ, 2, e425, doi:10.7717/peerj.425.
Caractéristiques
- Métagénomes
- La richesse
- Uniformité
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/metagenomefocus/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.