Il s'agit de l'application Linux nommée FusionCatcher à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom fusioncatcher_v1.20.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée FusionCatcher pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
FusionCatcher pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
FusionCatcher recherche des gènes de fusion somatique nouveaux/connus, des translocations et des chimères dans les données ARN-seq (lectures appariées à partir de plates-formes Illumina NGS telles que Solexa et HiSeq) à partir d'échantillons malades.Les objectifs de FusionCatcher sont :
- très bon taux de détection pour trouver des gènes candidats de fusion,
- très simple d'utilisation (c'est-à-dire qu'aucune connaissance a priori des bases de données et de la bioinformatique n'est nécessaire pour exécuter FusionCatcher),
- très bonne détection des gènes de fusion difficiles, comme par exemple les fusions IGH, les fusions CIC, les fusions DUX4, les fusions CRLF2, les fusions TCF3, etc.
- être le plus automatique possible (c'est-à-dire que le FusionCatcher choisira automatiquement les meilleurs paramètres afin de trouver les gènes de fusion candidats, par exemple trouver automatiquement les adaptateurs, construire automatiquement les jonctions exon-exon en fonction de la longueur des lectures d'entrée, etc.) tout en offrant le meilleur taux de détection possible pour trouver des gènes de fusion.
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
