Il s'agit de l'application Linux nommée GapFiller dont la dernière version peut être téléchargée sous GapFiller-1.1.1.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée GapFiller avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
Remplisseur d'espace
Ad
DESCRIPTION
GapFiller est un assembleur local d'amorçage et d'extension pour combler le vide au sein des lectures appariées.
Il peut être utilisé à la fois pour l'ADN et l'ARN et il a été testé sur les données Illumina.
GapFiller peut être utilisé chaque fois qu'une séquence doit être assemblée à partir de lectures se trouvant sur ses extrémités, à condition d'avoir une estimation approximative de la longueur de la séquence.
Caractéristiques
- Format d'entrée pris en charge : FASTQ (.gz, .bz2), FASTA (.gz, .bz2), SAM, BAM
- Paramètres d'assemblage hautement personnalisables
- Possibilité de spécifier différents jeux de données pour l'amorçage et l'assemblage
- Possibilité de stocker des informations de mise en page (position et orientation de lecture dans les contigs assemblés)
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
C + +
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/gapfiller/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
