Il s'agit de l'application Linux nommée GENIE (GEne-geNe IntEraction) dont la dernière version peut être téléchargée sous GENIE_src.tar. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée GENIE (GEne-geNe IntEraction) avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
GENIE (interaction gène-gène)
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DESCRIPTION
L'interaction gène-gène dans les études d'association génétique est intensive en calcul lorsqu'un grand nombre de SNP sont impliqués. La plupart des dernières unités centrales de traitement (CPU) ont plusieurs cœurs, tandis que les unités de traitement graphique (GPU) ont également des centaines de cœurs et ont récemment été utilisées pour implémenter des logiciels scientifiques plus rapides. Cependant, il n'existe actuellement aucun progiciel d'analyse génétique permettant aux utilisateurs d'utiliser pleinement la puissance de calcul de ces dispositifs multicœurs pour l'analyse des interactions génétiques pour les traits binaires.
Nous présentons ici un nouveau progiciel GENIE, qui utilise la puissance de plusieurs cœurs de processeur GPU ou CPU pour paralléliser l'analyse des interactions.
Citation : Chikkagoudar, S., Wang, K., & Li, M. (2011). GENIE : un progiciel pour l'analyse des interactions gène-gène dans les études d'association génétique utilisant plusieurs cœurs GPU ou CPU. Notes de recherche BMC, 4 (1), 158.
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
C
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/gpugenie/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
