Il s'agit de l'application Linux nommée Grinder à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom Grinder-0.5.4.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Grinder pour fonctionner sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
Grinder pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
Grinder est un outil bioinformatique open source polyvalent permettant de créer des bibliothèques de séquences de fusils de chasse omiques et d'amplicons simulés pour toutes les principales plates-formes de séquençage.Fonctionnalités
- des bibliothèques de lecture de fusil de chasse ou d'amplicon (par exemple, ARNr 16S)
- support omique pour générer des ensembles de données génomiques, transcriptomiques, protéomiques, métagénomiques, métatranscriptomiques ou métaprotéomiques
- distribution arbitraire de la longueur de lecture et nombre de lectures
- simulation d'erreurs de PCR et de séquençage (chimères, mutations ponctuelles, homopolymères)
- prise en charge des ensembles de données appairés (paire mate)
- paramètres de rang-abondance spécifiques ou abondance donnée manuellement pour chaque génome, gène ou protéine
- création de jeux de données avec une richesse donnée (diversité alpha)
- les ensembles de données connexes peuvent partager un nombre variable de génomes (diversité bêta)
- modélisation du biais créé par la variation de la longueur du génome ou du nombre de copies de gène
- mécanisme de profil pour stocker les options préférées
- disponible pour les biologistes ou les utilisateurs expérimentés via plusieurs interfaces : GUI, CLI et API
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/biogrinder/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
