Il s'agit de l'application Linux nommée ISVASE à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom ISVASE1.1.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée ISVASE pour fonctionner sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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ISVASE pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Pour générer des ARNm matures corrects, les exons doivent être identifiés et réunis avec précision et efficacité par un mécanisme d'épissage d'ARN. Il est à noter qu'environ un tiers ou la moitié de toutes les mutations causant des maladies affectent l'épissage de l'ARN. Cependant, il existe peu d'outils bioinformatiques pour identifier directement les variantes de séquences associées aux événements d'épissage (SVASE) sur la base des données RNA-seq. Nous avons développé ISVASE, un outil simple et pratique pour identifier SVASE directement à l'aide de données RNA-seq. Par rapport au logiciel PVAAS existant, notre méthode présente plusieurs avantages tels que des filtres dépendants de règles strictes et des filtres statistiques à chaque étape, des variantes de séquence de détection pour les événements d'épissage connus, des variantes de séquence d'identification dans deux parties d'épissage (jonction) séparément, un décalage de jonction de détection événements s'ils fournissent une annotation d'épissage connue, évaluent le signal d'épissage, comparent avec des données connues de mutation d'ADN et/ou d'édition d'ARN, et un temps d'exécution court.Caractéristiques
- Il s'agit du premier outil permettant d'identifier une variante de séquence associée à un événement d'épissage à la fois pour les nouvelles variantes d'épissage et les variantes d'épissage connues.
- ISVASE identifie d'abord les variantes de séquence pour chaque variante d'épissage, puis identifie les variantes de séquence pour toutes les variantes d'épissage associées (même début ou fin de jonction) pour une analyse comparative et un test statistique.
- ISVASE identifie et juge séparément les variantes de séquence pour les deux parties de la jonction, ce qui peut en outre distinguer l'effet des variantes de séquence pour différentes parties de la jonction.
- ISVASE applique plusieurs filtres dépendants de règles strictes et des filtres statistiques à différentes étapes.
- ISVASE considère les événements de décalage de jonction et les signaux de jonction (5' ss et 3' ss) pour supprimer les variantes d'épissage faux.
- ISVASE peut utiliser les données de mutation d'ADN et d'édition d'ARN fournies par l'utilisateur pour désigner le type de source des variants de séquence.
- ISVASE obtient une séquence flanquante de variantes de séquence pour la recherche de motifs d'amplificateur d'épissage exonique.
- ISVASE peut convertir le fichier de variante de séquence par défaut en fichier de format d'entrée ANNOVAR pour l'annotation de variante.
- ISVASE utilise 8 figures pour montrer les caractéristiques des variantes de séquences associées aux événements d'épissage.
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/isvase/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
