Il s'agit de l'application Linux nommée kallisto dont la dernière version peut être téléchargée en tant que kallisto_windows-v0.50.0.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée Kallisto avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Kallisto
DESCRIPTION
kallisto est un programme de quantification quasi optimale des abondances de transcrits à partir de données RNA-Seq, ou plus généralement de séquences cibles à l'aide de lectures de séquençage à haut débit. Il est basé sur l'idée d'utiliser le pseudo-alignement pour déterminer rapidement la compatibilité des lectures et des cibles, sans avoir besoin d'alignement.
Selon des benchmarks effectués sur un ordinateur de bureau Mac, kallisto peut quantifier 30 millions de lectures d'ARN-seq en vrac humain en moins de 3 minutes avec seulement les séquences de lecture et un index de transcriptome, qui en soi peut prendre plus de 10 minutes à construire. Et comme il utilise le pseudo-alignement, il est robuste aux erreurs de lecture et préserve les informations clés nécessaires à la quantification. Cela rend kallisto non seulement rapide mais aussi très précis. Dans de nombreux benchmarks, il surpasse même largement les outils existants.
Caractéristiques
- Utilise le pseudo-alignement
- Rapide et précis
- L'ARN-Seq en vrac quantifié peut être analysé avec un détective
- Peut être utilisé avec des bustools pour prétraiter les données de séquençage d'ARN unicellulaire
Langage de programmation
C
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
