Il s'agit de l'application Linux nommée MDcons (Molecular Dynamics consensus) dont la dernière version peut être téléchargée sous mdcons-src-2.0.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée MDcons (Molecular Dynamics consensus) avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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MDcons (consensus de dynamique moléculaire)
DESCRIPTION
MDcons est un outil pour analyser les contacts conservés lors de simulations de dynamique moléculaire (MD) de complexes à base de protéines, d'ARN, d'ADN et de ligands. L'entrée est soit une trajectoire de dynamique moléculaire, soit un ensemble d'instantanés. L'entrée peut également être un seul instantané. Les sorties sont (1) une carte des contacts les plus/moins fréquemment conservés pendant la MD (2) une liste des contacts les plus/moins fréquemment conservés pendant la MD.
Caractéristiques
- MDcons fonctionne sur plus de 2000 instantanés MD en moins de 2 minutes
- MDcons gère à la fois les complexes de protéines, d'ARN et d'ADN
- MDcons gère les trajectoires/instantanés avec ou sans identifiant de chaîne
- MDcons est compatible avec GROMACS
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal, ligne de commande
Langage de programmation
Fortran, Python
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/mdcons/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
