Il s'agit de l'application Linux nommée Meraculous-2D à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom Meraculous-v2.2.6.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Meraculous-2D pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Meraculous-2D pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
----------------------------------------IMPORTANT : Meraculous-2D a été remplacé par l'assembleur HipMer. Obtenez-le d'ici : https://sourceforge.net/projects/hipmer/
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Meraculous-2D est un assembleur de génome entier pour les lectures NGS (Illumina) qui est capable d'assembler de grands génomes diploïdes avec des exigences de calcul modestes. Les fonctionnalités incluent:
- Comptage k-mer efficace et parcours du graphe de deBruijn
- Deux modes de traitement de la variation allélique diploïde
- Échafaudage amélioré qui produit des assemblages plus complets sans compromettre la précision de l'échafaudage.
L'assemblage est piloté par un pipeline perl qui effectue la fragmentation des données et l'équilibrage de charge, ainsi que la soumission et la surveillance de plusieurs tableaux de tâches sur un cluster de type GE/SLURM ou un serveur multicœur autonome.
Manuscrits soumis :
https://arxiv.org/abs/1703.09852
https://arxiv.org/abs/1608
Caractéristiques
- Assemblage du génome eucaryote
- Modes spécialisés pour le génomesemblage à haute et faible hétérozygotie
- Exécution distribuée intégrée
- Opérations spatiales k-mer efficaces
- Déploiement sur un seul serveur et prêt pour les clusters (AWS-ready)
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Perl, C++
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/meraculous20/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
