Il s'agit de l'application Linux nommée metasort à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom metaSort.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée metasort pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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metasort à exécuter sous Linux en ligne
DESCRIPTION
La plupart des approches actuelles analysent des données métagénomiques avec la participation de génomes de référence. Cependant, les nouvelles communautés microbiennes s'étendent bien au-delà de la couverture des bases de données de référence et l'assemblage de novo du métagénome à partir de communautés microbiennes complexes reste toujours un grand défi. Nous présentons ici un nouveau cadre expérimental et bioinformatique, metaSort, pour la construction efficace de génomes bactériens à partir d'échantillons métagénomiques. MetaSort fournit une approche de mini-métagénome trié basée sur la cytométrie en flux et les méthodologies de séquençage unicellulaire, et utilise de nouveaux algorithmes de calcul pour récupérer efficacement des génomes de haute qualité à partir du mini-métagénome trié par le complément du métagénome d'origine. Grâce à des évaluations approfondies sur des ensembles de données simulés, des microbiomes salivaires et intestinaux, nous avons démontré que metaSort a une performance excellente et impartiale sur la récupération et l'assemblage du génome.Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/metasort/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
