Il s'agit de l'application Linux nommée mitoMaker dont la dernière version peut être téléchargée sous mitoMaker_1.0rc2.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée mitoMaker avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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mitoMaker
DESCRIPTION
Mitomaker est un wrapper de pipeline, un analyseur de résultats et un annotateur automatisé, écrit en Python v2.7, qui, avec l'aide d'autres programmes, construit, analyse, recherche la meilleure construction et annote les génomes cibles (tels que les mitochondries et les cloroplastes). Il pourrait être utilisé avec d'autres cibles, telles que des gènes spécifiques ou des transcriptomes, même si ce n'est pas son objectif principal, ni testé de manière approfondie.
Après diverses tentatives pour construire différents génomes mitochondriaux dans le laboratoire que j'ai étudié, un pipeline général a commencé à apparaître : assembler des lectures avec MIRA ou SOAPdenovo-Trans, rechercher un échafaudage/contig qui correspond à une espèce étroitement apparentée, le vérifier pour voir si tous les caractéristiques génomiques attendues sont présentes (puisque les mitochondries sont bien conservées), vérifiez si l'assemblage peut s'être circularisé (puisqu'il s'agit d'un ADN circulaire). Si une fonctionnalité était manquante ou si elle n'a pas été circularisée, essayez de l'assembler à nouveau avec différents paramètres d'assembleur (principalement k-mer). Rincez et répétez jusqu'à ce que la meilleure construction soit trouvée.
Caractéristiques
- Bioinformatique
- Plastide construisant un pipeline automatisé
- Analyseur génomique
- Assemblage plastidique
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
Python
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/plastidmaker/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
