Il s'agit de l'application Linux nommée NGSEP dont la dernière version peut être téléchargée sous NGSEPwindows_4.3.2.zip. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée NGSEP avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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NGSEP
DESCRIPTION
NGSEP est un cadre intégré pour l’analyse de lectures de séquençage à haut débit d’ADN courtes et longues. La version actuelle fournit des fonctionnalités pour l'analyse guidée de novo et de référence des données de séquençage, y compris l'assemblage du génome, la cartographie de lecture, la détection et le génotypage de variantes et l'analyse de novo des données générées à partir de protocoles de représentation réduits. NGSEP fournit également des modules d'analyse des bases de données de variations génomiques (fichiers VCF), notamment l'annotation fonctionnelle, le filtrage, la conversion de format, la comparaison, le regroupement, l'imputation, l'analyse d'introgression et différents types de statistiques. Depuis la version 4, nous proposons des fonctionnalités de gestion des génomes et des transcriptomes, notamment l'alignement du génome et l'annotation des éléments transposables. Une liste complète des fonctionnalités est disponible dans notre wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
AVANT LE TÉLÉCHARGEMENT : Le bouton vert dirige vers le pot pour une utilisation en ligne de commande. Voir le wiki pour l'interface graphique et d'autres options
Caractéristiques
- Assemblage de génomes de novo
- Alignement des lectures brutes sur un génome de référence
- Détection de SNP, CNV et Variantes Structurelles
- Manipulation VCF : annotation fonctionnelle, fusion, filtrage, comparaison, conversion de format, imputation
- Démultiplexage des lectures
- Alignement des assemblages de génomes annotés
- Statistiques et filtrage sur les annulations du transcriptome au format GFF3
Audience
Industrie de la santé, Science/Recherche, Autre public, Agriculture
Interface utilisateur
Java SWT, console/terminal, Eclipse
Langage de programmation
Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
