Il s'agit de l'application Linux nommée P3BSseq dont la dernière version peut être téléchargée sous P3BSseq_v2.1.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée P3BSseq avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN:
P3BSeq
DESCRIPTION:
Le traitement par séquençage au bisulfite (BSseq) fait partie des applications de séquençage de nouvelle génération (NGS) les plus lourdes. Bien que certains outils de traitement BSseq soient disponibles, ils sont dispersés, nécessitent des paramètres déroutants et sont gourmands en temps d'exécution et en utilisation de mémoire. Nous avons développé P3BSseq, un pipeline de traitement parallèle pour une analyse rapide, précise et automatique des lectures BSseq qui coupe, aligne, annote, enregistre les résultats intermédiaires, effectue une évaluation de la qualité de la conversion au bisulfite, génère du méthylome BED et rapporte des fichiers conformément aux normes NIH. P3BSseq surpasse les mappeurs BSseq connus en ce qui concerne le temps d'exécution et les exigences matérielles informatiques. Nous avons optimisé les paramètres P3BSseq pour les bibliothèques directionnelles et non directionnelles, et pour les lectures à extrémité unique et à extrémité appariée du génome entier et de la représentation réduite BSseq. P3BSseq est une solution simplifiée et conviviale pour l'analyse en amont de BSseq, ne nécessitant que des connaissances de base en informatique et en NGS.
Fonctionnalités
- Traitement des données par séquençage de nouvelle génération (NGS)
- Analyse méthylomique de l'ADN
- Traitement parallèle
- Représentation réduite du séquençage au bisulfite (RRBS)
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
Python
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/p3bsseq/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.