Il s'agit de l'application Linux nommée Pathoscope dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom pathoscope_2.0.6_clinical_pathoscope_1.0.3.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Pathoscope avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
Pathoscope
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DESCRIPTION
Cette page est ici à des fins d'archivage. Veuillez visiter github pour la dernière version du logiciel : https://github.com/pathoscopePathoScope prend des lectures de séquençage de nouvelle génération à partir d'un échantillon de mélange et prédit quels génomes sont présents. Nous utilisons un cadre bayésien combiné à un alignement initial basé sur des références pour attribuer des lectures au bon génome d'origine.
Pathoscope 2.0 :
Wiki:
http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/Home/
Tutoriel:
http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoscope2.0_v0.02_tutorial.pdf
Version Pathoscope clinique : http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/clinical_pathoscope/
Téléchargement de PathoQC : http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
Publications: http://www.microbiomejournal.com/content/2/1/33
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/262
http://genome.cshlp.org/content/23/10/1721
Technique:
PS : Veuillez envoyer un e-mail à mani2012 à bu dot edu si vous avez des questions.
Caractéristiques
- PathoQC : PathoQC est un programme autonome de contrôle qualité et de prétraitement pour un ensemble de données à haut débit. Veuillez télécharger PathoQC à partir de http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
- Publication PathoQC : http://la-press.com/article.php?article_id=4828
- Technique: https://groups.google.com/d/forum/pathoscope
- Page de laboratoire : http://jlab.bu.edu/software/
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/pathoscope/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
