Il s'agit de l'application Linux nommée PPSeq : Parallel NGS Analysis à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous ppseq-1.3-Linux-x86_64-pthread.gz. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée PPSeq : Parallel NGS Analysis pour exécuter gratuitement sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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PPSeq : analyse NGS parallèle à exécuter sous Linux en ligne
DESCRIPTION
La technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS) à haut débit est rapidement devenue un outil puissant dans de nombreux aspects de la recherche biomédicale. Cependant, parallèlement à son développement rapide, l'ampleur des données et la complexité de l'analyse pour NGS dépassent de loin la capacité et la capacité des installations informatiques traditionnelles à petite échelle, telles que les algorithmes de multithreading sur les postes de travail autonomes. Pour résoudre ce problème, nous présentons ici une solution utilisant l'offre toujours croissante de puissance de traitement par les systèmes de traitement parallèle massif (MPP).Caractéristiques
- ppalgn - alignement des lectures de séquençage sur de longues séquences de référence
- ppbwt - construire un index FM à partir d'un ensemble de séquences d'ADN
Audience
Éducation, ingénierie, industrie de la santé, technologies de l'information, organisations à but non lucratif, science/recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
C + +
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/ppseq/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
