Il s'agit de l'application Linux nommée QUAST dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom de quast-5.0.2.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée QUAST avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN:
QUAST
DESCRIPTION:
QUAST effectue une évaluation de la qualité et une comparaison rapides et pratiques des assemblages de génomes.
QUAST calcule un certain nombre de métriques bien connues, y compris la précision du contig, le nombre de gènes découverts, N50 et autres, ainsi que l'introduction de nouveaux, comme NA50 (voir les détails dans l'article et dans le manuel). Une analyse complète donne des tableaux récapitulatifs (en texte brut, séparés par des tabulations et formats LaTeX) et des tracés colorés. L'outil produit également des rapports Web condensant toutes les informations dans un fichier facile à parcourir.
QUAST possède une interface de ligne de commande intuitive et un manuel détaillé pour aider les utilisateurs à l'exécuter et à comprendre sa sortie. De plus, le Lab a lancé une version bêta de web-QUAST à http://quast.bioinf.spbau.ru/ ce qui rend l'évaluation de la qualité encore plus simple.
Les articles QUAST et MetaQUAST (extension pour les assemblages métagénomiques) ont été publiés dans Bioinformatics.
Fonctionnalités
- rapports Web, tableaux au format txt brut, séparés par des tabulations et LaTeX
- tracés et histogrammes colorés
- évaluation de la qualité avec et sans génome de référence
- évaluation de la qualité des assemblages métagénomiques
- navigateur contig interactif
Audience
Science/Recherche, Développeurs, Utilisateurs finaux/Bureau
Interface utilisateur
Basé sur le Web, ligne de commande
Langage de programmation
Python, JavaScript
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/quast/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.