Il s'agit de l'application Linux nommée RGAAT dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom RGAAT.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée RGAAT avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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RGAAT
DESCRIPTION
Ce programme peut assembler et/ou annoter le génome pour un nouveau génome et une mise à niveau du génome connu à l'aide d'un fichier d'alignement de séquences (format SAM ou BAM), d'un fichier de variante de séquence (format VCF ou tableau à cinq colonnes (délimité par des tabulations, y compris le chromosome, la position, l'identifiant, la référence) allèle et allèle alternatif)) ou un nouveau fichier de séquence du génome (format FASTA) basé sur le fichier de séquence du génome de référence (format FASTA) et le fichier d'annotation (format TBL, GTF, GFF, GFF3 ou BED).
Caractéristiques
- identification des variations de séquence
- construction de la séquence consensus du génome
- modification du génome
- comparaison du génome
- annotation du génome
- construction de la conversion des coordonnées du génome entre différentes versions d'assemblage du génome
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/rgaat/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
