Il s'agit de l'application Linux nommée SeqSelector dont la dernière version peut être téléchargée sous SeqSelector1.1b.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée SeqSelector avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
Sélecteur de séquence
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DESCRIPTION
L'ensemble d'outils SeqSelector est une suite de scripts python conviviaux et indépendants de la plate-forme pour faciliter la sélection de séquences pour l'enrichissement ciblé des bibliothèques de nouvelle génération grâce à la capture de séquences basée sur l'hybridation. Les scripts ne nécessitent aucune connaissance en programmation et peuvent être appliqués aux séquences du génome d'espèces modèles ou non modèles. Nous suggérons un flux de travail dans lequel les gènes d'intérêt sont d'abord identifiés à partir d'études antérieures et d'ensembles de données accessibles au public d'annotation de gènes fonctionnels. Une fois qu'une liste de gènes candidats a été identifiée, leurs séquences sont sélectionnées dans le génome de référence. Ces séquences sont utilisées comme requête lors d'une recherche BLAST du génome non annoté d'une espèce non modèle, puis les séquences correspondantes sont renvoyées, qui peuvent être utilisées pour concevoir des appâts pour la capture de séquences basée sur l'hybridation.
Langage de programmation
Python
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/seqselector/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
