Il s'agit de l'application Linux nommée SOAP3-DP dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez gratuitement en ligne cette application nommée SOAP3-DP avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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SOAP3-DP
DESCRIPTION
Dernier code sur GitHub :
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp, en exploitant la puissance de calcul du CPU et du GPU avec des algorithmes optimisés, offre simultanément une vitesse et une sensibilité élevées. Comparé aux aligneurs largement adoptés, notamment BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM et les aligneurs basés sur GPU BarraCUDA et CUSHAW, SOAP3-dp s'est avéré être deux à dix fois plus rapide, tout en maintenant la sensibilité la plus élevée et le taux de fausses découvertes le plus faible (FDR ) sur Illumina lit avec des longueurs différentes. SOAP3-dp prend en charge nativement le format de fichier BAM et fournit le même schéma de notation que BWA, ce qui lui permet d'être intégré dans les pipelines d'analyse existants.
Citation : Luo R, Wong T, Zhu J, Liu CM, Zhu X, et al. (2013) SOAP3-dp : Aligneur de lecture courte basé sur GPU rapide, précis et sensible. PLoS ONE 8(5) : e65632. doi: 10.1371/journal.pone.0065632
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
C++, C
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/soap3dp/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
