Il s'agit de l'application Linux nommée SplitMEM à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous splitmem.1.0.tgz. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée SplitMEM pour fonctionner gratuitement sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
SplitMEM pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
Avec l'essor des technologies de séquençage améliorées, la génomique passe d'un paradigme de référence unique par espèce à une approche pan-génomique plus complète avec plusieurs individus représentés et analysés ensemble. Ici, nous introduisons un nouvel algorithme de temps et d'espace O(n log n) appelé splitMEM, qui construit directement le graphe de Bruijn compressé pour un pan-génome de longueur totale n. Pour atteindre cette complexité temporelle, nous augmentons l'arbre de suffixes avec des sauts de suffixe, une nouvelle construction qui nous permet de parcourir plusieurs liens de suffixe en temps constant, et de les utiliser pour décomposer efficacement les correspondances exactes maximales (MEM) lors d'une traversée d'arbre de suffixe.Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
C + +
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/splitmem/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
