Il s'agit de l'application Linux nommée sRNAWorkbench dont la dernière version peut être téléchargée sous UEA_Workbench_4.7_update.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée sRNAWorkbench avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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sRNAWorkbench
DESCRIPTION
Une suite d'outils pour l'analyse des données de petits ARN (ARNs) à partir d'appareils de séquençage de nouvelle génération. Y compris le profilage de l'expression des mircoARN connus (miARN), l'identification de nouveaux miARN dans les données de séquençage en profondeur et l'identification d'autres points de repère intéressants dans les données génétiques à haut débit
Fonctionnalités
- Adapter Remover : supprime les fragments d'adaptateur des données de séquence de lecture courte brutes et génère les données au format FASTA.
- Filtre : produit une version filtrée d'un ensemble de données d'ARNs, contrôlé par plusieurs critères définis par l'utilisateur, notamment la longueur de la séquence, l'abondance, la complexité, le transfert et l'élimination de l'ARN ribosomique.
- miRCat2 (miRNA Categorisation) : prédit les miARN matures et leurs précurseurs à partir d'un ensemble de données d'ARNs et d'un génome.
- SiLoCo (Short interfering RNA Locus Comparaison) : compare les niveaux d'expression d'ARNs dans plusieurs échantillons en regroupant les ARNs en loci en fonction de leur emplacement génomique
- ta-siARN (trans-acting short interfering RNA) : prédiction des ta-siARN phasés dans les jeux de données d'ARNs végétaux.
- miRProf (miRNA Profiler) : détermine les niveaux d'expression normalisés des ARNs correspondant aux miARN connus dans la miRBase.
- Annotation en épingle à cheveux : génère une structure secondaire à partir d'une séquence d'ARN et met en évidence les régions d'intérêt à l'aide de RNAplot
- VisSR (Visualisation des ARNs) : génère une représentation visuelle des ARNs et des caractéristiques génomiques importées par l'utilisateur.
- PAREsnip2 : Identifiez les cibles de miARN mises en évidence par le dégradome
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Balançoire Java
Langage de programmation
C++, Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
