Il s'agit de l'application Linux nommée SUPERmerge dont la dernière version peut être téléchargée sous SUPERmerge.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée SUPERmerge avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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SUPERfusion
DESCRIPTION
SUPERmerge est un algorithme d'analyse et d'annotation d'empilement de lecture ChIP-seq permettant d'étudier les fichiers d'alignement (BAM) d'ensembles de données ChIP-seq de modification diffuse des histones avec de larges domaines de chromatine à un seul niveau de résolution de paire de bases. SUPERmerge permet une régulation flexible d'une variété de paramètres d'empilement de lecture, révélant ainsi comment les îlots de lecture s'agrègent en zones de couverture à travers le génome et à quelles caractéristiques d'annotation ils correspondent au sein des réplicats biologiques individuels. SUPERmerge est particulièrement utile pour étudier des expériences ChIP-seq de faible taille dans lesquelles les modifications épigénétiques des histones (par exemple, H3K9me1, H3K27me3) entraînent des pics intrinsèquement larges avec une gamme diffuse d'enrichissement du signal couvrant plusieurs loci génomiques consécutifs et des caractéristiques annotées.
Caractéristiques
- Puce-seq
- l'épigénétique
- bioinformatique
- biologie computationnelle
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
C
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/supermerge/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
