Il s'agit de l'application Linux nommée SuRankCo à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom surankco_r5.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée SuRankCo pour fonctionner sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
SuRankCo fonctionnera sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
SuRankCo est un logiciel basé sur l'apprentissage automatique permettant de noter et de classer les contigs à partir d'assemblages de novo de données de séquençage de nouvelle génération. Il s'entraîne avec des alignements de contigs avec des génomes de référence connus et prédit les scores et le classement des contigs qui n'ont pas encore de génome de référence associé.Pour plus de détails sur SuRankCo et son fonctionnement, veuillez consulter
« SuRankCo : Classement supervisé des contigs dans les assemblées de novo »
Mathias Kuhring, Piotr Wojtek Dabrowski, Andreas Nitsche et Bernhard Y. Renard
(http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/240/abstract)
VEUILLEZ NOTER qu'il est recommandé de lire le document et le fichier readme.txt avant d'utiliser SuRankCo.
Mise à jour juin 2015 :
* Modifications mineures pour activer le support BAM.
Mise à jour février 2014 :
* Ajout de la prise en charge des assemblages FASTA/SAM en plus de ACE/FASTQ(QUAL).
REMARQUE : les fonctionnalités des assemblages FASTA/SAM n'incluent pas encore BaseCount, BaseSeqmentCount et ContigQualities.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Java, S/R
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/surankco/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
