Il s'agit de l'application Linux nommée Swift Sequence Alignment Program dont la dernière version peut être téléchargée en tant que swift-0.11.2.tgz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée Swift Sequence Alignment Program avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Programme d'alignement de séquence rapide
DESCRIPTION
Swift est un programme d'alignement de séquences d'ADN qui produit un alignement discontinu à l'aide de l'algorithme de Smith-Waterman. Il prend en entrée un fichier de requête (format FASTA) et un fichier de référence (format FASTA). Il affiche le nom de la référence, le nom de lecture, l'alignement espacé, le score d'alignement, les positions de début et de fin de l'alignement et la longueur de l'alignement.
J'ai donné une conférence sur Swift à la GPU Technology Conference 2012. La conférence est accessible à l'adresse http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
Pour installer et exécuter Swift, veuillez vous référer à la page Wiki : http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
Si vous avez besoin d'aide supplémentaire pour installer ou exécuter Swift, veuillez contacter Pankaj Gupta à [email protected].
Caractéristiques
- Produit un alignement espacé à l'aide de l'algorithme de Smith-Waterman
- L'algorithme Smith-Waterman s'exécute sur le GPU (Graphics Processing Unit)
- Accepte un fichier lu (format FASTA) et un fichier de référence (format FASTA) en entrée
- Affiche le nom de référence, le nom de lecture, l'alignement espacé, le score d'alignement, les positions de début et de fin de l'alignement et la longueur de l'alignement
- Prend en charge les lectures Illumina (longueur fixe)
- Configuration requise : système d'exploitation Linux ; 4 Go de mémoire système ; Carte graphique compatible CUDA ; boîte à outils CUDA 4.2+ ; 6 Go de mémoire globale ; 49 Ko de mémoire partagée
Audience
Science / Recherche
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
