Il s'agit de l'application Linux nommée TagGraph dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom WindowsDockerTG.1.8.1.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée TagGraph avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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TagGraph
DESCRIPTION
Bien que la spectrométrie de masse soit bien adaptée pour identifier des milliers de modifications post-traductionnelles (PTM) potentielles de protéines, elle a historiquement été biaisée en faveur de quelques-unes seulement. Pour mesurer l'ensemble des PTM sur divers protéomes, le logiciel doit surmonter le double défi de couvrir d'énormes espaces de recherche et de distinguer les interprétations correctes et incorrectes du spectre. Ici, nous décrivons TagGraph, un outil de calcul qui surmonte les deux défis avec une méthode de recherche basée sur des chaînes sans restriction qui est jusqu'à 350 fois plus rapide que les approches existantes, et un modèle de validation probabiliste que nous avons optimisé pour les affectations PTM. Nous avons appliqué TagGraph à un ensemble de données protéomiques humaines publiées de 25 millions de spectres de masse et triplé les identifications de spectre fiables par rapport à son analyse originale. Nous avons identifié des milliers de types de modification sur près d'un million de sites dans le protéome.Fonctionnalités
- Définir des protéomes complexes avec une chaîne
Audience
Education
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/taggraph/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
