Il s'agit de l'application Linux nommée trj_cavity dont la dernière version peut être téléchargée sous trj_cavity_v2.1.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée trj_cavity avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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trj_cavité
DESCRIPTION
trj_cavity trouve des cavités protéiques tout au long des trajectoires de simulation de la dynamique moléculaire (MD). Le programme fonctionne avec des fichiers au format PDB, mais il peut également lire/générer des formats compatibles GROMACS tels que XTC.
Le même projet peut être compilé en tant qu'outil GROMACS ou en version autonome. Les instructions d'installation sont fournies dans le fichier INSTALL du projet et dans https://sourceforge.net/p/trjcavity/wiki/Home/#ffad
Si vous avez besoin d'aide pour utiliser cet outil (ou signaler des bogues), veuillez le poster dans le forum de discussion.
Remarques : la v2 fonctionne en parallèle et prend en charge la série GROMACS v5.1+. Si vous souhaitez continuer à utiliser GROMACS v4.x, veuillez utiliser trj_cavity_v1.1.
Caractéristiques
- Trouve les cavités protéiques dans les trajectoires de simulation MD.
- Produit des trajectoires MD des cavités protéiques en fonction du temps.
- Fournit des statistiques sur la distribution des cavités protéiques.
- Calcule le descripteur de volume de cavité.
- Profil du rayon du tunnel des pores à axe normal.
Langage de programmation
C + +
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/trjcavity/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
