Il s'agit de l'application Windows nommée AutoDockParser dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom AutodockParser.exe. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez gratuitement en ligne cette application nommée AutoDockParser avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
AutoDockParser
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DESCRIPTION
AutoDock Suit est l'un des logiciels les plus populaires pour effectuer un amarrage moléculaire et un criblage virtuel. Cette combinaison propose deux programmes AutoDock et AutoDock Vina. AutoDock fournit sa sortie sous forme de fichiers journaux d'accueil (fichiers DLG), tandis que ce dernier est au format pdbqt.
Le post-traitement de ces résultats est longtemps resté un travail manuel et c'est pourquoi divers protocoles et flux de travail sont conçus pour être spécifiques à l'utilisateur. Le traitement manuel de ces résultats pour une analyse ultérieure des interactions est resté une tâche longue et apparemment banale. Le traitement manuel implique une dépendance à divers logiciels externes.
AutoDock Parser propose un post-traitement automatique des résultats d'amarrage obtenus à partir d'AutoDock Suit. AutoDock Parser est un outil convivial visant à minimiser les efforts de post-traitement des résultats d'amarrage. Il permet à l'utilisateur de créer des complexes protéine-ligand à partir des fichiers DLG/PDBQT d'entrée en une seule étape.
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/autodockparser/. Il a été hébergé dans OnWorks afin de pouvoir être exécuté en ligne de la manière la plus simple possible à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
