Il s'agit de l'application Windows nommée BBMap dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom BBMap_39.03.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée BBMap avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Carte BB
DESCRIPTION
Ce package comprend BBMap, un aligneur de lecture courte, ainsi que divers autres outils bioinformatiques. Il est écrit en Java pur, peut s'exécuter sur n'importe quelle plate-forme et n'a aucune dépendance autre que Java en cours d'installation (compilé pour Java 6 et supérieur). Tous les outils sont efficaces et multithread.
BBMap : aligneur à lecture courte pour les données d'ADN et d'ARN-seq. Capable de gérer des génomes arbitrairement grands avec des millions d'échafaudages. Gère Illumina, PacBio, 454 et d'autres lectures ; sensibilité très élevée et tolérance aux erreurs et à de nombreux grands indels. Très vite.
BBNorm : outil de correction d'erreurs et de normalisation basé sur Kmer.
Dédupe : simplifie les assemblys en supprimant les sous-séquences en double ou contenues qui partagent un pourcentage d'identité cible.
Reformatage : reformate les lectures entre fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, entrelacé/apparié et ASCII-33/64, à plus de 500 Mo/s.
BBDuk : filtre, ajuste ou masque les lectures avec des correspondances kmer avec un fichier d'artefact/contaminant.
...et plus!
Caractéristiques
- Java pur, fonctionne sur n'importe quelle plate-forme ; déjà compilé, décompressez et exécutez.
- Rapide, efficace et multithread.
- Informations d'utilisation affichées lors de l'exécution d'un shellscript sans paramètres.
- La sensibilité la plus élevée de tous les aligneurs à lecture courte.
- Facile à installer - il suffit de décompresser/décompresser.
- Facile à utiliser. Exemple : bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- Gère tous les formats courants : fasta, fastq, sam, scarf, fasta+qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Utilisé par le Joint Genome Institute.
- BB signifie Bestus Bioinformaticus.
- Il y a une FAQ pratique ici : http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/bbmap/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
