Il s'agit de l'application Windows nommée Grinder à exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom Grinder-0.5.4.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Grinder pour une exécution gratuite sous Windows en ligne sur Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
Grinder pour fonctionner sous Windows en ligne sur Linux en ligne
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DESCRIPTION
Grinder est un outil bioinformatique open source polyvalent permettant de créer des bibliothèques de séquences de fusils de chasse omiques et d'amplicons simulés pour toutes les principales plates-formes de séquençage.Caractéristiques
- des bibliothèques de lecture de fusil de chasse ou d'amplicon (par exemple, ARNr 16S)
- support omique pour générer des ensembles de données génomiques, transcriptomiques, protéomiques, métagénomiques, métatranscriptomiques ou métaprotéomiques
- distribution arbitraire de la longueur de lecture et nombre de lectures
- simulation d'erreurs de PCR et de séquençage (chimères, mutations ponctuelles, homopolymères)
- prise en charge des ensembles de données appairés (paire mate)
- paramètres de rang-abondance spécifiques ou abondance donnée manuellement pour chaque génome, gène ou protéine
- création de jeux de données avec une richesse donnée (diversité alpha)
- les ensembles de données connexes peuvent partager un nombre variable de génomes (diversité bêta)
- modélisation du biais créé par la variation de la longueur du génome ou du nombre de copies de gène
- mécanisme de profil pour stocker les options préférées
- disponible pour les biologistes ou les utilisateurs expérimentés via plusieurs interfaces : GUI, CLI et API
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/biogrinder/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
