Il s'agit de l'application Windows nommée nichenetr dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom v2.0.4.zip. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez gratuitement en ligne cette application nommée nichenetr avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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nichenetr
DESCRIPTION
nichenetr : l'implémentation R de la méthode NicheNet. L'objectif de NicheNet est d'étudier la communication intercellulaire d'un point de vue computationnel. NicheNet utilise les données d'expression génique humaine ou de souris des cellules en interaction comme entrée et les combine avec un modèle antérieur qui intègre les connaissances existantes sur les voies de signalisation ligand-cible. Cela permet de prédire les interactions ligand-récepteur qui pourraient entraîner des changements d'expression génique dans les cellules d'intérêt. Ce modèle d'informations préalables sur les liens potentiels ligand-cible peut ensuite être utilisé pour déduire des liens actifs ligand-cible entre les cellules en interaction. NicheNet hiérarchise les ligands en fonction de leur activité (c'est-à-dire, dans quelle mesure ils prédisent les changements observés dans l'expression génique dans la cellule réceptrice) et recherche les cibles affectées à fort potentiel d'être régulées par ces ligands prioritaires.
Caractéristiques
- NicheNet diffère fortement de la plupart des approches informatiques actuelles pour étudier la communication intercellulaire
- Évaluer dans quelle mesure les ligands exprimés par une cellule émettrice peuvent prédire les changements dans l'expression génique dans la cellule réceptrice en priorisant les ligands en fonction de leur effet sur l'expression génique
- Déduire des liens putatifs ligand-cible actifs dans le système à l'étude
- Valider le modèle ligand-cible antérieur
- Construction de modèles ligand-cible définis par l'utilisateur
- Nous fournissons des instructions sur la façon de faire des visualisations intuitives des principales prédictions
Langage de programmation
R
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
