Il s'agit de l'application Windows nommée PepDistiller à exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom PD_1_28_release_20140702.7z. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée PepDistiller pour une exécution gratuite sous Windows en ligne sur Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
PepDistiller s'exécutera sous Windows en ligne sur Linux en ligne
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DESCRIPTION
Dans cette étude, nous avons présenté un outil de contrôle qualité nommé PepDistiller pour faciliter la validation des résultats de recherche MASCOT. En incluant le nombre de terminaisons trypsiques et en intégrant une méthode de calcul du taux de fausse découverte (FDR) affinée, nous avons démontré l'amélioration de la sensibilité des identifications de peptides obtenues à partir des résultats de la recherche semitryptique. Sur la base de l'analyse d'un ensemble de données complexes, environ 7 % d'identifications de peptides supplémentaires ont été obtenues en utilisant PepDistiller qu'en utilisant MASCOT Percolator. De plus, la méthode affinée a généré des estimations FDR inférieures au pourcentage de méthode fixe de cible incorrecte (PIT) appliquée dans Percolator. À l'aide d'un ensemble de données standard, nous avons en outre démontré la précision accrue des estimations FDR affinées par rapport aux estimations FDR fixes PIT. PepDistiller est rapide et pratique à utiliser, et est disponible gratuitement pour un accès académique. Le logiciel peut également être téléchargé à partir de http://www.bprc.ac.cn/pepdistiller.Caractéristiques
- Contrôle de qualité
- Proteomics
- Identification des peptides
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/pepdistiller/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
