Il s'agit de l'application Windows nommée REDO à exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom de REDO.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée REDO pour une exécution gratuite sous Windows en ligne sur Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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REDO pour s'exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne
DESCRIPTION
REDO est un outil d'application complet pour identifier les événements d'édition d'ARN dans les organites en fonction des résultats d'appels de variantes (fichiers VCF). Il s'agit d'une suite de scripts Perl et peut fonctionner facilement et directement dans n'importe quel système d'exploitation installé Perl et R Environment. Les filtres dépendants des règles strictes et les filtres statistiques sont utilisés dans REDO pour réduire le taux de faux positifs. Il peut fournir des annotations détaillées, des statistiques et des chiffres pour les sites d'édition d'ARN. REDO peut également détecter des événements d'édition d'ARN dans plusieurs échantillons simultanément et identifier une proportion différentielle d'événements d'édition d'ARN dans différents échantillons. De plus, la variation du génome peut être facilement supprimée par un sous-programme fish.pl dans notre package.Fonctionnalités
- Les faux positifs sont filtrés par des filtres dépendants de règles et des filtres statistiques
- Les annotations détaillées sont fournies, y compris le nom du gène, la position des nucléotides et des acides aminés dans le gène, la phase du codon, les allèles de référence et d'édition, les codons de référence et d'édition, les acides aminés de référence et d'édition, la proportion d'édition, la fonction du gène, etc.
- Des statistiques utiles sont également fournies par REDO, telles que les statistiques pour les types d'édition d'ARN, les changements hydrophobes/hydrophiles, les changements silencieux/non silencieux et les phases de codon des sites d'édition.
- Pour illustrer les attributs des sites d'édition d'ARN, 16 figures sont produites à l'aide du programme R pour chaque échantillon.
- REDO peut détecter des événements d'édition d'ARN dans plusieurs échantillons simultanément.
- La proportion différentielle d'événements d'édition d'ARN dans plusieurs échantillons peut être identifiée.
- Le sous-programme peut être utilisé pour traiter les tableaux de résultats REDO facilement et rapidement.
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/redo/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
