परिवर्तन-अनुक्रम-संरेखण - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

परिवर्तन-अनुक्रम-संरेखण - जीनोमिक अनुक्रम संरेखण परिवर्तन वातावरण

SYNOPSIS

परिवर्तन-अनुक्रम-संरेखण [विकल्प] [अनुक्रम]

वर्णन

ALTER (ALignment Transformation EnviRonment) परिवर्तन करने का एक उपकरण है
एकाधिक अनुक्रम संरेखण प्रारूपों के बीच। ALTER पर केंद्रित है
मुख्यधारा संरेखण और विश्लेषण कार्यक्रमों की विशिष्टताओं के बजाय
अधिक या कम विशिष्ट प्रारूपों के बीच रूपांतरण पर।

विकल्प

-c (--ढहने)
अनुक्रमों को हैप्लोटाइप में संक्षिप्त करें।

-सीजी (--collapseGaps)
ढहते समय अंतराल को गुम डेटा के रूप में मानें।

-NS (--collapseLimit) एन
कनेक्शन सीमा (<= एल साइटों पर अलग-अलग अनुक्रम ढह जाएंगे) (डिफ़ॉल्ट है
एल=0).

-से। मी (--पतनगायब)
ढहते समय गुम डेटा को अंतर के रूप में गिनें।

-i (--इनपुट) फ़ाइल
इनपुट फ़ाइल।

-मैं एक (--इनपुटऑटोडिटेक्ट)
स्वतः पहचान प्रारूप (अन्य इनपुट विकल्प छोड़े गए हैं)।

-अगर (--इनपुट प्रारूप) वैल
इनपुट प्रारूप (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP या PIR)।

-आईओ (--inputOS) वैल
इनपुट ऑपरेटिंग सिस्टम (लिनक्स, मैकओएस या विंडोज)

-आईपी (--इनपुटप्रोग्राम) वैल
इनपुट प्रोग्राम (क्लस्टल, एमएएफएफटी, मसल, प्रोबकॉन्स या टीसीकॉफ़ी)।

-o (--आउटपुट) फ़ाइल
निर्गम संचिका।

-का (--आउटपुट स्वरूप) वैल
आउटपुट प्रारूप (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP या PIR)।

-ol (--आउटपुटलोअरकेस)
लोव केस आउटपुट.

-ओम (--आउटपुटमैच)
आउटपुट मिलान अक्षर.

पर (--आउटपुटरेसिड्यूनंबर्स)
आउटपुट अवशेष संख्याएँ (केवल ALN प्रारूप)।

-ऊ (--आउटपुटओएस) वैल
आउटपुट ऑपरेटिंग सिस्टम (लिनक्स, मैकओएस या विंडोज)।

-ओपी (--आउटपुटप्रोग्राम) वैल
आउटपुट प्रोग्राम (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML, ProtTest, RAxML, TCS,
कोडएबीसी, बायोएडिट, मेगा, डीएनएएसपी, से-अल, मेस्काइट, स्प्लिट्सट्री, क्लस्टल, एमएएफएफटी, मसल,
प्रोबकॉन्स, टीकॉफ़ी, जीब्लॉक्स, सीव्यू, ट्रिमएएल या सामान्य)

-हड्डी (--आउटपुटअनुक्रमिक)
अनुक्रमिक आउटपुट (केवल NEXUS और PHYLIP प्रारूप)।

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