यह कमांड एंफो है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
anfo - डेटाबेस में संक्षिप्त पठन का सर्वोत्तम संरेखण ढूंढें
SYNOPSIS
anfo [ विकल्प | पट्टिका ... ]
वर्णन
anfo (संक्षिप्त) अनुक्रमण को एक (गीगाबेस आकार) डेटाबेस में संरेखित करता है। यह एक अनुमान का उपयोग करता है
बीजारोपण विधि, लेकिन फिर एक वास्तविक एलाइनर लागू करता है जो अंतराल की अनुमति देता है, क्षति को समझता है
प्राचीन डीएनए में पैटर्न और व्याख्या करने में आसान स्कोर तैयार करता है।
इनपुट फ़ाइलें किसी भी प्रकार की फास्टए या फास्टक्यू फ़ाइलें, या मूल हो सकती हैं anfo बाइनरी फ़ाइल,
का उपयोग करके वैकल्पिक रूप से संपीड़ित किया गया gziporbzip2. फ़ाइल स्वरूप स्वचालित रूप से पहचाना जाता है और
अन्य प्रारूप जोड़े जा सकते हैं.
विकल्प
-वी, - विसर्जन
संस्करण संख्या प्रिंट करें और बाहर निकलें।
-o फ़ाइल, --आउटपुट फ़ाइल
को आउटपुट लिखें पट्टिका. पट्टिका मूल में लिखा जाएगा anfo बाइनरी प्रारूप, जो
उपयोग करने पर ऑपरेशन किया जा सकता है एंफो-टूल या करने के लिए बंधन छल.
-सी कॉन्फ़ाइल, --कॉन्फ़िग कॉन्फ़ाइल
से कॉन्फ़िगरेशन पढ़ें कन्फाइल. यह फ़ाइल कॉन्फ़िगर करती है कि कौन से सूचकांक का उपयोग किया जाता है, और
किस जीनोम का विस्तार करके एक संरेखण बनाया जाता है, इसमें किन मापदंडों का उपयोग किया जाना चाहिए
संरेखक और पथ निर्धारित कर सकता है। उदाहरण फ़ाइल देखें.
-पी संख्या, --थ्रेड्स संख्या
प्रारंभ संख्या संरेखण के लिए धागे. प्रति प्रोसेसर कोर आमतौर पर ऐसा एक धागा होता है
श्रेष्ठ।
-x संख्या, --ixthreads संख्या
प्रारंभ संख्या अनुक्रमण के लिए धागे. इंडेक्सिंग आम तौर पर इससे कम सीपीयू पावर का उपयोग करती है
संरेखण, इसलिए संरेखकों की तुलना में कम अनुक्रमणिका सामान्यतः सर्वोत्तम होती है।
--सोलेक्सा-स्केल
फास्टक्यू फ़ाइलें पढ़ते समय, इसके बजाय सोलेक्सा स्केल (लॉग-ऑड्स-रेशियो) का उपयोग करें
मानक फ़्रेड स्केल (संभावनाएँ)। यदि आप सोलेक्सा/इलुमिना सीक्वेंसर का उपयोग करते हैं,
क्या आपको इसकी आवश्यकता है, अपने दस्तावेज़ देखें। अन्यथा आप ऐसा न करें.
--fastq-उत्पत्ति मूल
फास्टक्यू डिकोडिंग के लिए मूल को सेट करें मूल. मानक और डिफ़ॉल्ट 33 है, लेकिन यह अवश्य होना चाहिए
सोलेक्सा/इलुमिना सॉफ़्टवेयर के कुछ संस्करणों के लिए 64 पर सेट किया जाए। यदि तुम प्रयोग करते हो
सोलेक्सा/इलुमिना सीक्वेंसर, आपको इसकी आवश्यकता है या नहीं, अपने दस्तावेज़ देखें।
अन्यथा आप ऐसा न करें.
-क्यू, --शांत
गंभीर त्रुटियों को छोड़कर सभी आउटपुट दबाएँ।
-v, --verbose
ऑपरेशन के दौरान प्रगति संकेतक प्रिंट करें।
वातावरण
ANFO_PATH
जीनोम और इंडेक्स फ़ाइलों के लिए खोजी गई निर्देशिकाओं की कोलन से अलग की गई सूची।
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन anfo का उपयोग करें