ऑटोग्रिड4 - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

ऑटोग्रिड - ऑटोडॉक विश्लेषण के लिए प्रोटीन और लिगैंड तैयार करना

SYNOPSIS

ऑटोग्रिड4 [विकल्पों] -p ग्रिडपैरामीटरफ़ाइल

वर्णन

ऑटोग्रिड गैर-सहसंयोजक अंतःक्रिया ऊर्जाओं का एक 3डी ग्रिड प्रतिनिधित्व तैयार करता है
विभिन्न उपयोगकर्ता-निर्दिष्ट लिगैंड परमाणु प्रकार उपयोगकर्ता-निर्दिष्ट लक्ष्य के आसपास अनुभव करेंगे
मैक्रोमोलेक्यूल। इसके अलावा, इलेक्ट्रोस्टैटिक क्षमता और विघटन मुक्त ऊर्जा ग्रिड
मानचित्रों की गणना भी की जा सकती है। ग्रिड मानचित्रों को सादे पाठ फ़ाइलों में संग्रहीत किया जाता है
एक्सटेंशन '.मैप' और डॉकिंग करने के लिए ऑटोडॉक 4 द्वारा आवश्यक हैं। ऑटोग्रिड भी
एक '.xyz' फ़ाइल आउटपुट करता है जो ग्रिड बॉक्स के स्थानिक विस्तार और एक AVS का वर्णन करता है
फ़ील्ड '.fld' फ़ाइल जो परमाणु आत्मीयता ग्रिड मानचित्रों के सुसंगत सेट का वर्णन करती है
किसी दिए गए लक्ष्य मैक्रोमोलेक्यूल के लिए एक साथ गणना की गई। नोट: यह करना जरूरी है
लिगैंड या लिगैंड के सेट में सभी प्रकार के परमाणुओं के लिए ग्रिड मानचित्र की गणना करें
डॉक किया गया, साथ ही एक इलेक्ट्रोस्टैटिक संभावित ग्रिड मानचित्र और एक विघटन मुक्त ऊर्जा मानचित्र।
उदाहरण के लिए, यदि एक लिगैंड में एक एलिफैटिक कार्बन और एक हाइड्रोजन-बंधन-स्वीकर्ता ऑक्सीजन है
परमाणु, 'सी' मानचित्र और 'ओए' मानचित्र दोनों की गणना करना आवश्यक होगा। देखना
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
ऑटोडॉक 4 परमाणु प्रकारों के बारे में अधिक जानकारी के लिए पैरामीटर।

ऑटोग्रिड का इनपुट प्रोग्राम सूट AutoDockTools के साथ सबसे अच्छा तैयार किया जाता है। कोई नहीं है
बिना ग्रिड के ऑटोडॉक4 चलाने का तरीका।

विकल्प

-o पुराने PDBq प्रारूप का उपयोग करें (कॉलम 55-61 में q)

-u उपयोग की जानकारी, डेबियन पर भी -h।

-d डिबगिंग में सहायता के लिए संदेशों की बढ़ी हुई शब्दाडंबरता।

-l लॉग फ़ाइल

-p फ़ाइल नाम ग्रिड पैरामीटर फ़ाइल निर्दिष्ट करता है

उदाहरण

ऑटोग्रिड स्रोतों के साथ परीक्षणों की एक श्रृंखला उपलब्ध कराई गई है जिनका उपयोग निम्नानुसार किया जा सकता है:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Tests
$ सीडी / Tmp
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ गनज़िप -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ ऑटोग्रिड4 -पी $डी/एचएसजी1_नो_रिसेप्टर_टाइप्स.जीपीएफ -एल एचएसजी1_नो_रिसेप्टर_टाइप्स.जीएलजी

यह कमांड इसमें निर्दिष्ट प्रत्येक ऑटोडॉक परमाणु प्रकार के लिए ग्रिड मैप फ़ाइलें तैयार करता है
ग्रिड पैरामीटर फ़ाइल (इस मामले में: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), AVS
फ़ील्ड फ़ाइल (hsg1_sm.maps.fld) और hsg1_sm.maps.xyz। कॉकिंग गणना करने के लिए,
ऑटोडॉक को निष्पादित किया जाना चाहिए, हालांकि यह एक अलग डॉकिंग पैरामीटर फ़ाइल (के साथ) की मांग करता है
एक्सटेंशन .dpf). 'डीपीएफ' ग्रिड मैप फ़ाइलों को संदर्भित करता है जो डॉकिंग के लिए आवश्यक हैं
और अन्य महत्वपूर्ण मापदंडों को सेट करने की अनुमति देता है, जैसे कि खोज विधि और कैसे
प्रदर्शन करने के लिए कई डॉकिंग।

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