bp_fetchp - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

bp_fetch.pl - बायोपरल अनुक्रमित डेटाबेस से अनुक्रम प्राप्त करता है

SYNOPSIS

bp_fetch.pl स्विस:ROA1_HUMAN

bp_fetch.pl नेट::जेनबैंक:JX295726

bp_fetch.pl नेट::genpept:ROA1_HUMAN

bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676

bp_fetch.pl -fmt GCG स्विस:ROA1_HUMAN

वर्णन

बायोपरल में डीबी एक्सेस सिस्टम का उपयोग करके अनुक्रम प्राप्त करता है। इसका सबसे आम उपयोग है
bpindex.pl का उपयोग करके निर्मित बायोपरल सूचकांकों से अनुक्रम लाने के लिए, या अनुक्रम लाने के लिए
एनसीबीआई वेबसाइट से

अनुक्रमों को पुनः प्राप्त करने का प्रारूप जानबूझकर GCG/EMBOSS प्रारूप की तरह है
इस प्रकार है:

डीबी:नाम

'मेटा' डेटाबेस प्रकार डालने की क्षमता के साथ

मेटा::डीबी:नाम

मेटा जानकारी तीन प्रकारों में से एक हो सकती है

स्थानीय - स्थानीय अनुक्रमित फ्लैट फ़ाइल डेटाबेस
नेट - नेटवर्कयुक्त http: आधारित डेटाबेस
ऐस - ACeDB डेटाबेस

बिना किसी मेटा डीबी जानकारी वाले डेटाबेस नामों के लिए यह जानकारी डिफ़ॉल्ट रूप से 'स्थानीय' होती है

विकल्प

-एफएमटी - आउटपुट स्वरूप
फास्टा (डिफ़ॉल्ट), ईएमबीएल, रॉ, स्विस या जीसीजी
-एसीसी - स्ट्रिंग एक परिग्रहण संख्या है, एक नहीं
आईडी।

केवल विशेषज्ञ उपयोग के लिए विकल्प

-दिर - इंडेक्स फ़ाइलों को खोजने के लिए निर्देशिका
(BIOPERL_INDEX पर्यावरण चर को ओवरराइड करता है)
-प्रकार - खोलने के लिए DBM फ़ाइल का प्रकार
(BIOPERL_INDEX_TYPE पर्यावरण चर को ओवरराइड करता है)

वातावरण

bp_index और bp_fetch पर्यावरण चर का उपयोग करके समन्वय करते हैं जहां डेटाबेस स्थित हैं
BIOPERL_INDEX. इसे -dir विकल्प का उपयोग करके ओवरराइड किया जा सकता है। सूचकांक प्रकार (एसडीबीएम या
DB_File या अन्य इंडेक्स फ़ाइल) को BIOPERL_INDEX_TYPE वेरिएबल द्वारा नियंत्रित किया जाता है। यह
SDBM_File पर डिफ़ॉल्ट

का उपयोग करते हुए IT अपने आप को

bp_fetch बायोपरल मॉड्यूल के चारों ओर एक आवरण है जो Bio::DB::BioSeqI का समर्थन करता है
अमूर्त इंटरफ़ेस. इसमे शामिल है:

लेखक कोड

जेम्स गिल्बर्ट - फास्टा इंडेक्सर, एब्सट्रैक्ट इंडेक्सर
एरोन मैके - जेनबैंक और जेनपेप्ट डीबी एक्सेस
इवान बिरनी - ईएमबीएल .डेट इंडेक्सर
बहुत से लोग - SeqIO कोड

इन मॉड्यूलों का उपयोग सीधे किया जा सकता है, जो इस स्क्रिप्ट को एक सिस्टम के रूप में उपयोग करने से कहीं बेहतर है
पढ़ने के लिए कॉल करें या एक पाइप। यह कैसे उपयोग किया जाता है यह देखने के लिए bp_fetch का स्रोत कोड पढ़ें।

का विस्तार IT

डेटाबेस तक पहुंच प्रदान करने के लिए bp_fetch कई अलग-अलग मॉड्यूल का उपयोग करता है। कोई भी मॉड्यूल
जो Bio::DB::BioSeqI इंटरफ़ेस की सदस्यता लेता है, उसका उपयोग यहां किया जा सकता है। फ्लैट फ़ाइल के लिए
इंडेक्सर्स, यह बायो:: इंडेक्स::एब्सट्रैक्ट का विस्तार करके सबसे अच्छा किया जाता है, जैसा कि इसमें किया गया है
बायो::इंडेक्स::ईएमबीएल और बायो::इंडेक्स::फास्टा। अन्य डेटाबेस तक पहुंच के लिए आपको इसकी आवश्यकता होगी
अपना स्वयं का इंटरफ़ेस रोल करें.

नए आउटपुट स्वरूपों के लिए, आपको एक नया SeqIO मॉड्यूल जोड़ना होगा। सबसे आसान काम है देखना
Bio::SeqIO::Fasta पर जाएं और जानें कि इसे अपने प्रारूप के लिए कैसे हैक किया जाए (इसे कुछ भी कहें)।
स्पष्ट रूप से भिन्न)।

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