यह कमांड bp_process_gadflyp है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
bp_process_gadfly.pl - Gadfly/FlyBase GFF फ़ाइलों को एक उपयुक्त संस्करण में मालिश करें
जेनेरिक जीनोम ब्राउज़र
SYNOPSIS
% bp_process_gadfly.pl ./RELEASE2 > gadfly.gff
वर्णन
यह स्क्रिप्ट यहां स्थित रिलीज 3 फ्लाईबेस/गैडफ्लाई जीएफएफ फाइलों की मालिश करती है
http://www.fruitfly.org/sequence/release3download.shtml के "सही" संस्करण में
जीएफएफ प्रारूप।
इस स्क्रिप्ट का उपयोग करने के लिए, संपूर्ण जीनोम FASTA फ़ाइल डाउनलोड करें और इसे डिस्क पर सहेजें। (NS
डाउनलोड की गई फ़ाइल को कुछ इस तरह कहा जाएगा
"na_whole-genome_genomic_dmel_RELEASE3.FASTA", लेकिन HTML पृष्ठ पर लिंक नहीं देता है
फ़ाइल नाम।) संपूर्ण जीनोम GFF एनोटेशन फ़ाइल के लिए ऐसा ही करें (सहेजी गई फ़ाइल होगी
"संपूर्ण-जीनोम_एनोटेशन-फीचर-क्षेत्र_डमेल_RELEASE3.GFF" जैसा कुछ कहा जा सकता है।) यदि
आप चाहते हैं कि आप इन फ़ाइलों के ज़िप संपीड़ित संस्करण डाउनलोड कर सकें।
इसके बाद इस स्क्रिप्ट को दो फाइलों पर चलाएँ, डाउनलोड की गई FASTA फ़ाइल का नाम इंगित करते हुए
सबसे पहले, उसके बाद gff फ़ाइल:
% bp_process_gadfly.pl na_whole-genome_genomic_dmel_RELEASE3.FASTA पूरे-genome_annotation-feature-region_dmel_RELEASE3.GFF > fly.gff
Gadfly.gff फ़ाइल और फास्टा फ़ाइल को अब Bio::DB::GFF डेटाबेस में लोड किया जा सकता है
निम्नलिखित आदेश का उपयोग कर:
% बल्क_लोड_gff.pl -d फ्लाई -फास्टा na_whole-genome_genomic_dmel_RELEASE3.FASTA फ्लाई.gff
(जहां "फ्लाई" डेटाबेस का नाम है। इसे उपयुक्त के रूप में बदलें। डेटाबेस को अवश्य होना चाहिए
पहले से मौजूद हैं और आपके द्वारा लिखने योग्य हैं!)
परिणामी डेटाबेस में निम्नलिखित फीचर प्रकार होंगे (जैसा दर्शाया गया है
"विधि: स्रोत"):
घटक: भुजा एक गुणसूत्र भुजा
घटक: मचान एक गुणसूत्र पाड़ (परिग्रहण #)
घटक: असेंबली में गैप ए गैप
क्लोन: क्लोनलोकेटर ए बीएसी क्लोन
जीन: गैडफ्लाई एक जीन परिग्रहण संख्या
प्रतिलेख: गैडफ्लाई एक प्रतिलेख परिग्रहण संख्या
अनुवाद: गैडफ्लाई एक अनुवाद
कोडन: गैडफ्लाई महत्व अज्ञात
एक्सॉन: गैडफ्लाई एक एक्सॉन
प्रतीक: गैडफ्लाई एक शास्त्रीय जीन प्रतीक
समानता: ब्लास्टन ए ब्लास्टन हिट
समानता: ब्लास्टएक्स ए ब्लास्टएक्स हिट
समानता: SIM4 EST-> SIM4 का उपयोग करने वाला जीनोम
समानता: ग्रुपेस्ट ईएसटी-> जीनोम ग्रुपेस्ट का उपयोग कर रहा है
समानता: रिपीटमास्कर ए रिपीट
महत्वपूर्ण नोट: यह स्क्रिप्ट *केवल* RELEASE3 gadfly फ़ाइलों के साथ काम करेगी और नहीं
पहले रिलीज के साथ काम करें।
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन bp_process_gadflyp का उपयोग करें
