कटएडाप्ट - क्लाउड में ऑनलाइन

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कटएडाप्ट - कटएडाप्ट 1.8.3 के लिए मैनुअल पेज

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कटएडाप्ट संस्करण 1.8.3 कॉपीराइट © 2010-2015 मार्सेल मार्टिन[ईमेल संरक्षित]>

कटएडाप्ट उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण रीड्स से एडाप्टर अनुक्रमों को हटा देता है।

उपयोग:
कटअडाप्ट -a एडाप्टर [विकल्प] [-ओ आउटपुट.फास्टक्यू] इनपुट.फास्टक्यू

के लिए बनती अंत पढ़ता है:
कटअडाप्ट -a ADAPT1 -A ADAPT2 [विकल्प] -o आउट1.फ़ास्टक्यू -p आउट2.फास्टक्यू इन1.फास्टक्यू
in2.fastq

"एडेप्टर" को अपने 3' एडॉप्टर के वास्तविक अनुक्रम से बदलें। IUPAC वाइल्डकार्ड वर्ण
समर्थित हैं. विपरीत पूरक स्वचालित रूप से *नहीं* खोजा जाता है। सभी से पढ़ता है
एडॉप्टर अनुक्रम को हटाकर इनपुट.फ़ास्टक्यू को आउटपुट.फ़ास्टक्यू में लिखा जाएगा। अनुकूलक
मिलान त्रुटि-सहिष्णु है. एकाधिक एडाप्टर अनुक्रम दिए जा सकते हैं (आगे उपयोग करें)। -a
विकल्प), लेकिन केवल सर्वोत्तम-मिलान वाला एडॉप्टर ही हटाया जाएगा।

इनपुट FASTA प्रारूप में भी हो सकता है। संपीड़ित इनपुट और आउटपुट समर्थित है और
फ़ाइल नाम (.gz, .xz, .bz2) से स्वतः पता लगाया गया। मानक के लिए फ़ाइल नाम '-' का प्रयोग करें
इनपुट आउटपुट। के बिना -o विकल्प, आउटपुट मानक आउटपुट पर भेजा जाता है।

कुछ अन्य उपलब्ध विशेषताएं यह है:
* विभिन्न अन्य एडॉप्टर प्रकार (5' एडेप्टर, "मिश्रित" 5'/3' एडेप्टर आदि) *
आधारों की निश्चित संख्या को ट्रिम करना * गुणवत्ता ट्रिमिंग * कलरस्पेस रीड्स को ट्रिम करना *
फ़िल्टरिंग विभिन्न मानदंडों के अनुसार पढ़ता है

"कटएडाप्ट" का प्रयोग करें --मदद" सभी कमांड-लाइन विकल्प देखने के लिए। देखें
http://cutadapt.readthedocs.org/ पूर्ण दस्तावेज़ीकरण के लिए.

विकल्प

--संस्करण
कार्यक्रम का संस्करण संख्या दिखाएं और बाहर निकलें

-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

-f प्रारूप, --प्रारूप=FORMAT
इनपुट फ़ाइल स्वरूप; या तो 'फास्टा', 'फास्टक्यू' या 'एसआरए-फास्टक्यू' हो सकता है। जब नजरअंदाज किया गया
सीएसफ़ास्टा/क्वाल फ़ाइलें पढ़ना (डिफ़ॉल्ट: फ़ाइल नाम एक्सटेंशन से स्वतः पता लगाना)।

विकल्प जो प्रभावित करते हैं कि एडॉप्टर कैसे पाए जाते हैं:

निम्नलिखित तीन मापदंडों में से प्रत्येक (-a, -b, -g) का उपयोग कई बार किया जा सकता है और
किसी भी संयोजन में संभवतः भिन्न एडेप्टर के पूरे सेट की खोज करें
प्रकार. प्रत्येक रीड से केवल सर्वोत्तम मिलान एडाप्टर को ट्रिम किया जाता है (लेकिन देखें
-- टाइम्स विकल्प)। आप सीधे एडॉप्टर देने की बजाय लिख भी सकते हैं
फ़ाइल:फ़ाइल और एडाप्टर अनुक्रम दिए गए फ़ाइल से पढ़ा जाएगा (जो होना चाहिए)।
FASTA प्रारूप में)।

-a एडाप्टर, -- अनुकूलक=अनुकूलक
एक एडॉप्टर का अनुक्रम जो 3' सिरे से जुड़ा हुआ था। एडाप्टर स्वयं और
इसके बाद जो कुछ भी आता है उसे काट दिया जाता है। यदि एडाप्टर अनुक्रम '$' के साथ समाप्त होता है
कैरेक्टर, एडॉप्टर को रीड के अंत में एंकर किया जाता है और केवल तभी पाया जाता है जब यह एक हो
पढ़ने का प्रत्यय.

-g एडाप्टर, --सामने=अनुकूलक
एक एडॉप्टर का अनुक्रम जिसे 5' सिरे से जोड़ा गया था। यदि एडाप्टर अनुक्रम
अक्षर '^' से शुरू होता है, एडॉप्टर 'एंकर्ड' होता है। एक एंकर एडॉप्टर अवश्य होना चाहिए
रीड के 5' अंत में अपनी संपूर्णता में प्रकट होता है (यह रीड का उपसर्ग है)। ए
गैर-एंकरयुक्त एडॉप्टर आंशिक रूप से 5' सिरे पर दिखाई दे सकता है, या इसके भीतर हो सकता है
पढ़ना। यदि यह रीड के भीतर पाया जाता है, तो एडॉप्टर से पहले का क्रम भी है
छंटनी की गई। सभी मामलों में, एडॉप्टर स्वयं ही ट्रिम हो जाता है।

-b एडाप्टर, --कहीं भी=अनुकूलक
एक एडॉप्टर का अनुक्रम जो 5' या 3' सिरे से जुड़ा हुआ था। यदि एडाप्टर है
पढ़ने के भीतर पाया जाता है या पढ़ने के 3' अंत को ओवरलैप करते हुए, व्यवहार है
के लिए समान -a विकल्प। यदि एडॉप्टर 5' सिरे (शुरुआत) को ओवरलैप करता है
रीड), एडॉप्टर से मेल खाने वाले रीड के प्रारंभिक भाग को काट दिया गया है, लेकिन
जो कुछ भी अनुसरण करता है उसे रखा जाता है।

-e त्रुटि दर, --त्रुटि दर=त्रुटि दर
अधिकतम अनुमत त्रुटि दर (त्रुटियों की संख्या को मिलान की लंबाई से विभाजित किया गया है
क्षेत्र) (डिफ़ॉल्ट: 0.1)

--नो-इंडेल्स
संरेखण में इंडेल्स की अनुमति न दें (केवल बेमेल की अनुमति दें)। वर्तमान में केवल
एंकर एडेप्टर के लिए समर्थित। (डिफ़ॉल्ट: बेमेल और इंडेल्स दोनों की अनुमति दें)

-n गिनती करना, -- टाइम्स=COUNT
एडॉप्टर को अधिकतम COUNT बार हटाने का प्रयास करें। जब कोई एडॉप्टर जुड़ जाता है तो उपयोगी होता है
एकाधिक बार (डिफ़ॉल्ट: 1)।

-O लंबाई, --ओवरलैप=LENGTH
न्यूनतम ओवरलैप लंबाई. यदि रीड और एडॉप्टर के बीच ओवरलैप छोटा है
लंबाई से अधिक, पढ़ने को संशोधित नहीं किया गया है। इससे संख्या कम हो जाती है. आधारों की शुद्ध रूप से छंटनी की गई
लघु यादृच्छिक एडॉप्टर मिलान के कारण (डिफ़ॉल्ट: 3)।

--मैच-रीड-वाइल्डकार्ड
IUPAC वाइल्डकार्ड को पढ़ने की अनुमति दें (डिफ़ॉल्ट: गलत)।

-N, --नो-मैच-एडेप्टर-वाइल्डकार्ड
एडेप्टर में IUPAC वाइल्डकार्ड की व्याख्या न करें।

संसाधित रीड्स को फ़िल्टर करने के विकल्प:

--त्याग-काट दिया गया, --रद्द करें
जिन रीड्स में एडॉप्टर शामिल है उन्हें ट्रिम करने के बजाय हटा दें। इसका भी प्रयोग करें -O in
बहुत सारे बेतरतीब ढंग से मेल खाने वाले पाठों को फेंकने से बचने के लिए!

--त्यागना-छंटाई रहित, --केवल-काट-छाँट
उन पाठों को त्यागें जिनमें एडॉप्टर शामिल नहीं है।

-m लंबाई, --न्यूनतम लंबाई=LENGTH
काटे गए पाठों को हटा दें जो LENGTH से छोटे हैं। जो पढ़ता है वह भी बहुत छोटा है
एडॉप्टर हटाने से पहले भी हटा दिया जाता है। कलरस्पेस में, प्रारंभिक प्राइमर नहीं होता है
गिना गया (डिफ़ॉल्ट: 0)।

-M लंबाई, --ज्यादा से ज्यादा लंबाई=LENGTH
लंबाई से अधिक लंबी छंटनी की गई सामग्री को हटा दें। जो पढ़ता है वह भी बहुत लंबा है
एडॉप्टर हटाने से पहले भी हटा दिया जाता है। कलरस्पेस में, प्रारंभिक प्राइमर नहीं होता है
गिना गया (डिफ़ॉल्ट: कोई सीमा नहीं)।

--नो-ट्रिम
मिलान और पुनर्निर्देशन हमेशा की तरह आउटपुट/अनट्रिम्ड-आउटपुट पर पढ़ता है, लेकिन हटाएं नहीं
एडेप्टर।

--अधिकतम-एन=LENGTH
किसी पाठ में अनुमत N का अधिकतम अनुपात। एक संख्या <1 को एक माना जाएगा
अनुपात जबकि एक संख्या > 1 को N की अधिकतम संख्या माना जाएगा
निहित।

--मास्क-एडाप्टर
एडेप्टर को ट्रिम करने के बजाय उन्हें 'एन' अक्षरों से मास्क करें।

वे विकल्प जो प्रभावित करते हैं कि क्या आउटपुट कहां मिलेगा:

--शांत
किसी रिपोर्ट को अंत में न छापें।

-o फ़ाइल, --आउटपुट=फ़ाइल
संशोधित पठन को फ़ाइल में लिखें। इनपुट के आधार पर FASTQ या FASTA प्रारूप चुना जाता है।
सारांश रिपोर्ट मानक आउटपुट पर भेजी जाती है। डीमल्टीप्लेक्स के लिए फ़ाइल में '{name}' का उपयोग करें
एकाधिक फ़ाइलों में पढ़ता है। (डिफ़ॉल्ट: छंटनी की गई रीडिंग मानक आउटपुट पर लिखी जाती है)

--जानकारी फ़ाइल=फ़ाइल
प्रत्येक रीड के बारे में जानकारी लिखें और उसका एडॉप्टर फ़ाइल में मेल खाता है। देखें
फ़ाइल स्वरूप के लिए दस्तावेज़ीकरण.

-r फ़ाइल, --रेस्ट-फ़ाइल=फ़ाइल
जब एडॉप्टर रीड के बीच में मेल खाता है, तो बाकी लिखें (के बाद)।
एडाप्टर) फ़ाइल में।

--वाइल्डकार्ड-फ़ाइल=फ़ाइल
जब एडॉप्टर में वाइल्डकार्ड बेस ('एन') हों, तो वाइल्डकार्ड से मेल खाते एडॉप्टर बेस लिखें
फ़ाइल में स्थिति. जब संरेखण में इंडेल्स होते हैं, तो यह अक्सर नहीं होगा
सटीक।

--बहुत छोटा-आउटपुट=फ़ाइल
ऐसे पाठ लिखें जो बहुत छोटे हों (निर्दिष्ट लंबाई के अनुसार)। -m) दायर करना।
(डिफ़ॉल्ट: पढ़ा गया त्यागें)

--बहुत लंबा आउटपुट=फ़ाइल
ऐसे पाठ लिखें जो बहुत लंबे हों (निर्दिष्ट लंबाई के अनुसार)। -M) दायर करना।
(डिफ़ॉल्ट: पढ़ा गया त्यागें)

--अनट्रिम्ड-आउटपुट=फ़ाइल
वह लिखें जिसमें FILE का एडॉप्टर शामिल नहीं है। (डिफ़ॉल्ट: उसी फ़ाइल में आउटपुट
जैसा कि पढ़ा गया है)

पढ़ने के लिए अतिरिक्त संशोधन:

-u लंबाई, --कट गया=LENGTH
प्रत्येक पाठ के आरंभ या अंत से LENGTH आधार हटाएँ। यदि LENTH सकारात्मक है,
प्रत्येक पाठ की शुरुआत से आधार हटा दिए जाते हैं। यदि LENGTH ऋणात्मक है, तो
प्रत्येक पाठ के अंत से आधार हटा दिए जाते हैं। यदि यह विकल्प दो बार निर्दिष्ट किया जा सकता है
लंबाई के अलग-अलग चिह्न हैं।

-q [5'कटऑफ,]3'कटऑफ, --गुणवत्ता-कटऑफ़=[5'कटऑफ,]3'कटऑफ
एडॉप्टर हटाने से पहले रीड के 5' और/या 3' सिरे से निम्न-गुणवत्ता वाले बेस को ट्रिम करें। अगर
एक मान दिया गया है, केवल 3' सिरे को काटा गया है। यदि दो अल्पविराम से अलग किए गए कटऑफ हैं
दिया गया है, 5' सिरे को पहले कटऑफ के साथ, 3' सिरे को दूसरे के साथ ट्रिम किया गया है।
एल्गोरिदम वही है जो BWA द्वारा उपयोग किया जाता है (दस्तावेज़ीकरण देखें)। (डिफ़ॉल्ट: नहीं
ट्रिमिंग)

--गुणवत्ता-आधार=गुणवत्ता_आधार
मान लें कि गुणवत्ता मान ascii (गुणवत्ता + QUALITY_BASE) के रूप में एन्कोड किए गए हैं।
डिफ़ॉल्ट (33) आमतौर पर सही होता है, इसके कुछ संस्करणों द्वारा उत्पादित रीड्स को छोड़कर
इलुमिना पाइपलाइन, जहां इसे 64 पर सेट किया जाना चाहिए। (डिफ़ॉल्ट: 33)

--ट्रिम-एन
रीड्स के सिरों पर एन ट्रिम करें।

-x उपसर्ग, उपसर्ग=उपसर्ग
नाम पढ़ने के लिए इस उपसर्ग को जोड़ें

-y प्रत्यय, --प्रत्यय=प्रत्यय
नाम पढ़ने के लिए यह प्रत्यय जोड़ें

--पट्टी-प्रत्यय=STRIP_SUFFIX
यदि यह प्रत्यय मौजूद है तो पढ़े गए नामों से हटा दें। कई बार दिया जा सकता है.

-c, --रंगीन स्थान
कलरस्पेस मोड: उस रंग को भी ट्रिम करें जो पाए गए एडॉप्टर के निकट है।

-d, --डबल-एन्कोड
जब कलरस्पेस में हों, तो रंगों को डबल-एनकोड करें (मानचित्र 0,1,2,3,4 से ए,सी,जी,टी,एन)।

-t, --ट्रिम-प्राइमर
जब कलरस्पेस में हों, तो प्राइमर बेस और पहले रंग (जो संक्रमण है) को ट्रिम करें
पहले न्यूक्लियोटाइड के लिए)

--स्ट्रिप-f3
कलरस्पेस के लिए: पढ़े गए नामों के _F3 प्रत्यय को हटा दें

--मक, --बीडब्ल्यूए
MAQ- और BWA-संगत कलरस्पेस आउटपुट। यह सक्षम बनाता है -c, -d, -t, --स्ट्रिप-f3 और
-y '/1'.

--लंबाई-टैग=टैग
पढ़ने के विवरण क्षेत्र में दशमलव संख्या के बाद TAG खोजें।
दशमलव संख्या को काटे गए पाठ की सही लंबाई से बदलें। के लिए
उदाहरण, उपयोग --लंबाई-टैग 'लंबाई=123' जैसे फ़ील्ड को सही करने के लिए 'लंबाई='।

--नो-जीरो-कैप
नकारात्मक गुणवत्ता मानों को शून्य में न बदलें। कलरस्पेस गुणवत्ता मान -1
आउटपुट FASTQ फ़ाइल में रिक्त स्थान के रूप में दिखाई देगा। चूँकि कई उपकरणों में समस्याएँ हैं
इसके साथ, कलरस्पेस डेटा को ट्रिम करते समय नकारात्मक गुण शून्य में परिवर्तित हो जाते हैं।
नकारात्मक गुणों को बनाए रखने के लिए इस विकल्प का उपयोग करें।

-z, --शून्य-सीमा
नकारात्मक गुणवत्ता मानों को शून्य में बदलें. यह डिफ़ॉल्ट रूप से तब सक्षम होता है जब
-c/--कलरस्पेस भी सक्षम है। इसे अक्षम करने के लिए उपरोक्त विकल्प का उपयोग करें।

युग्मित-अंत विकल्प.:

RSI -A/-G/-B/-U विकल्प उनकी तरह काम करते हैं -a/-बी/-जी/-यू समकक्ष।

-A अनुकूलक
3' एडाप्टर को एक जोड़ी में दूसरे रीड से हटाया जाना है।

-G अनुकूलक
5' एडाप्टर को एक जोड़ी में दूसरे रीड से हटाया जाना है।

-B अनुकूलक
5'/3 एडाप्टर को एक जोड़ी में दूसरे रीड से हटाया जाना है।

-U LENGTH
प्रत्येक पाठ के आरंभ या अंत से LENGTH आधार हटाएं (देखें)। --कट गया).

-p फ़ाइल, --युग्मित-आउटपुट=फ़ाइल
एक जोड़ी में दूसरा पढ़ा हुआ FILE में लिखें।

--अछंटाई-युग्मित-आउटपुट=फ़ाइल
जब पहले में कोई एडॉप्टर नहीं मिला तो इस फ़ाइल में एक जोड़ी में दूसरा रीड लिखें
पढ़ना। इस विकल्प का प्रयोग साथ में करें --अनट्रिम्ड-आउटपुट पेयरएंड को ट्रिम करते समय
पढ़ता है. (डिफ़ॉल्ट: ट्रिम किए गए पाठ के अनुसार उसी फ़ाइल में आउटपुट।)

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