फास्टैक - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

fastaq - FASTA और FASTQ फ़ाइल हेरफेर उपकरण

SYNOPSIS

fastaq [विकल्पों]

विवरण0nf

किसी कमांड का न्यूनतम उपयोग करने के लिए: fastaq कमांड का उपयोग करें

किसी कमांड के लिए पूर्ण सहायता प्राप्त करने के लिए इनमें से किसी एक का उपयोग करें: fastaq कमांड -h फास्टैक कमांड --मदद

उपलब्ध आदेश:

add_indels दिए गए स्थान(स्थानों) पर आधारों को हटाता है या सम्मिलित करता है caf_to_fastq
CAF फ़ाइल को FASTQ प्रारूप में रूपांतरित करता हैcapillary_to_pairs केशिका की फ़ाइल को परिवर्तित करता है
युग्मित और अयुग्मित फ़ाइलों को पढ़ता है चंकर अनुक्रमों को बराबर में विभाजित करता है
आकार के खंड गिनती_अनुक्रम इनपुट फ़ाइल डीइंटरलीव में अनुक्रमों की गणना करता है
इंटरलीव्ड युग्मित फ़ाइल को दो अलग-अलग फ़ाइलों में विभाजित करता है enumerate_names Renames
एक फ़ाइल में अनुक्रम, उन्हें 1,2,3... आदि कहकर explore_न्यूक्लियोटाइड्स प्रत्येक बनाता है
पतित न्यूक्लियोटाइड्स का संयोजन fasta_to_fastq FASTA और .qual में कनवर्ट करें
FASTQ फ़िल्टर फ़िल्टर अनुक्रमों का एक सबसेट प्राप्त करने के लिए get_ids
प्रत्येक अनुक्रम की आईडी प्राप्त करें get_seq_flanking_gaps अंतरालों को समतल करने वाले अनुक्रम प्राप्त करें
इंटरलीव दो फाइलों को इंटरलीव करता है, आउटपुट एफडब्ल्यूडी/रेव रीड के बीच वैकल्पिक होता है
make_random_contigs यादृच्छिक अनुक्रम मर्ज के contigs बनाएं कनवर्ट करें
एकाधिक अनुक्रम फ़ाइल को एकल अनुक्रम में बदलें_बेस सभी घटनाओं को प्रतिस्थापित करता है
एक अक्षर का दूसरे के साथ उल्टा_पूरक उलटा सभी अनुक्रमों का पूरक
scaffolds_to_contigs scaffolds search_for_seq की फ़ाइल से contigs की एक फ़ाइल बनाता है
एक स्ट्रिंग (और इसके विपरीत पूरक) अनुक्रम_ट्रिम से सभी सटीक मिलान ढूंढें
प्रत्येक अनुक्रम sort_by_size की शुरुआत से किसी दिए गए स्ट्रिंग से सटीक मिलान ट्रिम करें
अनुक्रमों को लंबाई क्रम में क्रमबद्ध करें, स्प्लिट_बाय_बेस_काउंट, मल्टी अनुक्रम फ़ाइल को इसमें विभाजित करें
अलग-अलग फ़ाइलें स्ट्रिप_इलुमिना_सफ़िक्स स्ट्रिप्स /1 or /2 प्रत्येक पढ़े गए नाम के अंत में
to_boulderio बोल्डर-आईओ प्रारूप में परिवर्तित होता है, जिसका उपयोग प्राइमर3 to_fake_qual द्वारा किया जाता है
नकली गुणवत्ता स्कोर फ़ाइल बनाएं to_fasta विभिन्न प्रकार के इनपुट प्रारूपों को रूपांतरित करता है
FASTA प्रारूप को अच्छी तरह से स्वरूपित करने के लिए to_mira_xml की एक फ़ाइल से एक xml फ़ाइल बनाएं
पढ़ता है, मीरा असेंबलर के साथ उपयोग के लिए to_orfs_gff ओपन की एक GFF फ़ाइल लिखता है
फ्रेम्स को_परफेक्ट_रीड्स में पढ़ना संदर्भ से सही युग्मित रीड्स बनाएं
to_random_subset अनुक्रमों का एक यादृच्छिक नमूना बनाएं (और वैकल्पिक रूप से साथी भी)
to_tiling_bam पूरे इनपुट में समान रूप से फैली हुई रीड्स की एक BAM फ़ाइल बनाएं
_unique_by_id का संदर्भ, उनके नामों के आधार पर डुप्लिकेट अनुक्रम हटाएं। रखना
सबसे लंबे अनुक्रम का अनुवाद इनपुट न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों में सभी अनुक्रमों का अनुवाद करें
ट्रिम_एनएस_एट_एंड सभी अनुक्रमों के आरंभ/अंत में सभी एनएस को ट्रिम करता है ट्रिम_कॉन्टिग्स
प्रत्येक कॉन्टिग ट्रिम_एंड के अंत से आधारों की एक निर्धारित संख्या को ट्रिम करता है, ट्रिम को ठीक करता है
प्रत्येक अनुक्रम संस्करण प्रिंट संस्करण के आरंभ और/या अंत के आधारों की संख्या
संख्या और निकास

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