गेवल - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

गेवल - प्रतिलेख के आधार पर जीन मॉडल के लिए कवरेज और इंटरग्रिटी स्कोर की गणना करें
संरेखण

SYNOPSIS

gaeval [विकल्पों] संरेखण.gff3 जीन.gff3 [Moregenes.gff3 ...]

वर्णन

बुनियादी विकल्प:

-h|--मदद
इस सहायता संदेश को प्रिंट करें और बाहर निकलें

-v|--संस्करण
प्रिंट संस्करण संख्या और बाहर निकलें

अखंडता स्कोर की गणना के लिए भार (1.0 तक जोड़ना होगा):

-a|--अल्फा: डबल
एकल-एक्सॉन जीन के लिए इंट्रोन्स की पुष्टि, या % अपेक्षित सीडीएस लंबाई; डिफ़ॉल्ट 0.6 है

-b|--बीटा: डबल
एक्सॉन कवरेज; डिफ़ॉल्ट 0.3 है

-g|--गामा: डबल
% अपेक्षित 5' यूटीआर लंबाई; डिफ़ॉल्ट 0.05 है

-e|--एप्सिलॉन: डबल
% अपेक्षित 3' यूटीआर लंबाई; डिफ़ॉल्ट 0.05 है

अखंडता स्कोर की गणना के लिए अपेक्षित सुविधा लंबाई:

-c|--एक्सप-सीडी: आईएनटी
अपेक्षित सीडीएस लंबाई (बीपी में); डिफ़ॉल्ट 400 है

-5|--एक्सप-5पुत्र: आईएनटी
अपेक्षित 5' यूटीआर लंबाई; डिफ़ॉल्ट 200 है

-3|--एक्सप-3पुत्र: आईएनटी
अपेक्षित 3' यूटीआर लंबाई; डिफ़ॉल्ट 100 है

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