जीएमएक्स-कोवर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-कोवर - सहप्रसरण मैट्रिक्स की गणना और विकर्णीकरण करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स कोवर [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[ए वी [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.लॉग>]] [-आस्की [<.डेट>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-डीटी ] [-आप ] [-xvg ] [-[कोई फिट नहीं]
[-[नहीं]रेफ] [-[नहीं]मवा] [-अंतिम ] [- [नहीं] पीबीसी]

वर्णन

GMX कोवार (द्रव्यमान-भारित) सहप्रसरण मैट्रिक्स की गणना और विकर्णीकरण करता है। सभी
संरचनाओं को संरचना फ़ाइल में संरचना में फिट किया जाता है। जब कि यह रन नहीं है
इनपुट फ़ाइल आवधिकता को ध्यान में नहीं रखा जाएगा। जब फिट और विश्लेषण समूह
समान हैं और विश्लेषण गैर द्रव्यमान-भारित है, फिट भी गैर होगा
बड़े पैमाने पर भारित।

eigenvectors एक प्रक्षेपवक्र फ़ाइल में लिखे गए हैं (-v). जब समान परमाणुओं का उपयोग किया जाता है
फिट और सहप्रसरण विश्लेषण, फिट के लिए संदर्भ संरचना पहले लिखी जाती है
t=-1 के साथ. औसत (या संदर्भ जब -संदर्भ प्रयोग किया जाता है) संरचना t=0 के साथ लिखी गई है,
eigenvectors को टाइमस्टैम्प के रूप में eigenvector संख्या के साथ फ़्रेम के रूप में लिखा जाता है।

eigenvectors का विश्लेषण किया जा सकता है GMX anaeig.

विकल्प -आस्की संपूर्ण सहप्रसरण मैट्रिक्स को ASCII फ़ाइल में लिखता है। का क्रम
तत्व हैं: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

विकल्प -xpm संपूर्ण सहप्रसरण मैट्रिक्स को a में लिखता है .एक्सपीएम फ़ाइल.

विकल्प -xpma परमाणु सहप्रसरण मैट्रिक्स को a में लिखता है .एक्सपीएम फ़ाइल, यानी प्रत्येक परमाणु जोड़ी के लिए
xx, yy और zz सहप्रसरणों का योग लिखा जाता है।

ध्यान दें कि मैट्रिक्स के विकर्णीकरण के लिए मेमोरी और समय की आवश्यकता होती है जो बढ़ जाएगी
शामिल परमाणुओं की संख्या के वर्ग से भी कम तेज़। इससे बाहर भागना आसान है
मेमोरी, ऐसी स्थिति में यह उपकरण संभवतः 'विभाजन दोष' के साथ बाहर निकल जाएगा। तुम्हे करना चाहिए
ध्यान से विचार करें कि क्या परमाणुओं का कम किया गया सेट कम लागत पर आपकी आवश्यकताओं को पूरा करेगा।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xvg>] (आइजेनवल.एक्सवीजी)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
पूर्ण सटीक प्रक्षेपवक्र: ट्र्र CPT TNG

ए वी [<.gro/.g96/...>] (औसत.पीडीबी)
संरचना फ़ाइल: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष

-l [<.लॉग>] (covar.log)
लॉग फ़ाइल

-आस्की [<.डेट>] (covar.dat) (वैकल्पिक)
सामान्य डेटा फ़ाइल

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (वैकल्पिक)
एक्स पिक्समैप संगत मैट्रिक्स फ़ाइल

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (वैकल्पिक)
एक्स पिक्समैप संगत मैट्रिक्स फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-आप (पीएस)
समय मानों की इकाई: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-[कोई फिट नहीं (हाँ)
एक संदर्भ संरचना में फ़िट करें

-[नहीं]रेफ (नहीं)
संरचना फ़ाइल में संरचना से विचलन के बजाय विचलन का उपयोग करें
औसत

-[नहीं]मवा (नहीं)
बड़े पैमाने पर भारित सहप्रसरण विश्लेषण

-अंतिम (-1)
लिखने के लिए अंतिम eigenvector (-1 अंतिम तक है)

- [नहीं] पीबीसी (हाँ)
आवधिक सीमा स्थितियों के लिए सुधार लागू करें

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