gmx-do_dssp - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gmx-do_dssp - द्वितीयक संरचना निर्दिष्ट करें और विलायक सुलभ सतह क्षेत्र की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स do_dssp [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-नक्शा [<.मानचित्र>]] [-एसएसडम्प [<.डेट>]] [-o [<.xpm>]]
[-अनुसूचित जाति [<.xvg>]] [-a [<.xpm>]] [-ता [<.xvg>]]
[-आ [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-डीटी ]
[-आप ] [-[अभी] [-xvg ] [-एसएसएस ]
[-ver ]

वर्णन

GMX do_dssp एक प्रक्षेप पथ फ़ाइल को पढ़ता है और प्रत्येक बार के लिए द्वितीयक संरचना की गणना करता है
डीएसपी प्रोग्राम को फ्रेम कॉलिंग। यदि आपके पास डीएसएसपी प्रोग्राम नहीं है, तो इसे प्राप्त करें
http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp. GMX do_dssp यह मानता है कि dssp निष्पादन योग्य स्थित है
in /usr/local/bin/dssp. अगर ऐसा नहीं है तो आपको एक माहौल तैयार करना चाहिए
परिवर्तनशील DSSP डीएसएसपी निष्पादन योग्य की ओर इशारा करते हुए, उदाहरण के लिए:

सेटेनव DSSP /opt/dssp/bin/dssp

संस्करण 2.0.0 के बाद से, डीएसएसपी को एक सिंटैक्स के साथ लागू किया गया है जो पिछले संस्करणों से भिन्न है। अगर
आपके पास dssp का पुराना संस्करण है, इसका उपयोग करें -ver पुराने का उपयोग करने के लिए do_dssp को निर्देशित करने का विकल्प
वाक्य - विन्यास। डिफ़ॉल्ट रूप से, do_dssp संस्करण 2.0.0 के साथ प्रस्तुत सिंटैक्स का उपयोग करता है। और भी नया
माना जाता है कि संस्करण (जो लेखन के समय अभी तक जारी नहीं हुए हैं) समान हैं
सिंटैक्स 2.0.0 के रूप में।

प्रत्येक अवशेष और समय के लिए संरचना असाइनमेंट एक को लिखा जाता है .एक्सपीएम मैट्रिक्स फ़ाइल. यह
उदाहरण के लिए फ़ाइल की कल्पना की जा सकती है xv और इसे पोस्टस्क्रिप्ट में बदला जा सकता है
xpm2ps. अलग-अलग श्रृंखलाओं को हल्के भूरे रंग की रेखाओं द्वारा अलग किया जाता है .एक्सपीएम और पोस्टस्क्रिप्ट
फ़ाइलें. प्रत्येक माध्यमिक संरचना प्रकार और कुल माध्यमिक के साथ अवशेषों की संख्या
संरचना (-एसएसएस) समय के एक फ़ंक्शन के रूप में गिनती को फ़ाइल में भी लिखा जाता है (-अनुसूचित जाति).

प्रति अवशेष विलायक सुलभ सतह (एसएएस) की गणना निरपेक्ष मानों दोनों में की जा सकती है
(ए^2) और किसी अवशेष की अधिकतम सुलभ सतह के अंशों में। अधिकतम
सुलभ सतह को श्रृंखला में अवशेषों की सुलभ सतह के रूप में परिभाषित किया गया है
ग्लाइसीन. नोट प्रोग्राम [gmx-sas] एसएएस की गणना भी कर सकता है और यह अधिक है
कुशल।

अंत में, यह प्रोग्राम द्वितीयक संरचना को एक विशेष फ़ाइल में डंप कर सकता है ssdump.dat एसटी
कार्यक्रम में उपयोग GMX ची. इन दोनों कार्यक्रमों का एक साथ उपयोग डायहेड्रल का विश्लेषण करने के लिए किया जा सकता है
द्वितीयक संरचना प्रकार के एक फ़ंक्शन के रूप में गुण।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

-नक्शा [<.मानचित्र>] (एसएस.मैप) (पुस्तकालय)
फ़ाइल जो मैट्रिक्स डेटा को रंगों में मैप करती है

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-एसएसडम्प [<.डेट>] (ssdump.dat) (वैकल्पिक)
सामान्य डेटा फ़ाइल

-o [<.xpm>] (ss.xpm)
एक्स पिक्समैप संगत मैट्रिक्स फ़ाइल

-अनुसूचित जाति [<.xvg>] (scount.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-a [<.xpm>] (क्षेत्र.xpm) (वैकल्पिक)
एक्स पिक्समैप संगत मैट्रिक्स फ़ाइल

-ता [<.xvg>] (totarea.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-आ [<.xvg>] (एवरएरिया.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-आप (पीएस)
समय मानों की इकाई: fs, ps, ns, us, ms, s

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-एसएसएस (एचईबीटी)
संरचना गणना के लिए माध्यमिक संरचनाएँ

-ver (2)
डीएसएसपी प्रमुख संस्करण। संस्करण 2 के साथ सिंटैक्स बदल गया

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