जीएमएक्स-माइंडिस्ट - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-माइंडिस्ट - दो समूहों के बीच न्यूनतम दूरी की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स माइंडिस्ट [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ओडीओ [<.xvg>]] [पर [<.xvg>]] [-o [<.बाहर>]]
[-ऑक्स [<.xtc/.trr/...>]] [या [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-डीटी ] [-आप ] [-[अभी]
[-xvg ] [-[नहीं]मैट्रिक्स] [-[नहीं]अधिकतम] [-d ]
[-[नहीं]समूह] [-[नहीं]पी] [-[कोई अलगाव नहीं] [-एनजीओ ]
[- [नहीं] पीबीसी] [-[नहीं]रिस्पर्टाइम] [-[नहीं]प्रिंट्रेसनाम]

वर्णन

GMX माइंडिस्ट एक समूह और कई अन्य समूहों के बीच की दूरी की गणना करता है। दोनों
न्यूनतम दूरी (संबंधित समूहों के परमाणुओं के किसी भी जोड़े के बीच) और की संख्या
एक निश्चित दूरी के संपर्कों को दो अलग-अलग आउटपुट फ़ाइलों में लिखा जाता है। साथ
-ग्रुप पहले समूह में कई परमाणुओं के साथ दूसरे समूह में एक परमाणु का संपर्क विकल्प
एकाधिक संपर्कों के बजाय एक संपर्क के रूप में गिना जाता है। साथ या, न्यूनतम दूरी
पहले समूह में प्रत्येक अवशेष को अवशेष के एक फ़ंक्शन के रूप में निर्धारित और प्लॉट किया जाता है
संख्या.

विकल्प के साथ -पि किसी समूह की उसकी आवर्त छवि से न्यूनतम दूरी अंकित की जाती है। यह है
यह जांचने के लिए उपयोगी है कि क्या किसी प्रोटीन ने सिमुलेशन के दौरान अपनी आवधिक छवि देखी है। केवल एक
प्रत्येक दिशा में बदलाव पर विचार किया जाता है, जिससे कुल 26 बदलाव होते हैं। यह प्लॉट भी करता है
समूह के भीतर अधिकतम दूरी और तीन बॉक्स वैक्टर की लंबाई।

भी GMX दूरी और GMX जोड़ीदार दूरियों की गणना करें.

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर) (वैकल्पिक)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-ओडीओ [<.xvg>] (mindist.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

पर [<.xvg>] (संख्या.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-o [<.बाहर>] (atm-pair.out) (वैकल्पिक)
सामान्य आउटपुट फ़ाइल

-ऑक्स [<.xtc/.trr/...>] (mindist.xtc) (वैकल्पिक)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र gro g96 पीडीबी TNG

या [<.xvg>] (mindistres.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-आप (पीएस)
समय मानों की इकाई: fs, ps, ns, us, ms, s

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-[नहीं]मैट्रिक्स (नहीं)
समूह-समूह दूरियों के आधे मैट्रिक्स की गणना करें

-[नहीं]अधिकतम (नहीं)
गणना अधिकतम न्यूनतम के बजाय दूरी

-d (0.6)
संपर्कों के लिए दूरी

-[नहीं]समूह (नहीं)
पहले समूह में एकाधिक परमाणुओं वाले संपर्कों को एक के रूप में गिनें

-[नहीं]पी (नहीं)
आवधिक छवियों के साथ न्यूनतम दूरी की गणना करें

-[कोई अलगाव नहीं (नहीं)
स्प्लिट ग्राफ जहां समय शून्य है

-एनजीओ (1)
किसी केंद्रीय समूह से दूरी की गणना करने के लिए द्वितीयक समूहों की संख्या

- [नहीं] पीबीसी (हाँ)
आवधिक सीमा शर्तों को ध्यान में रखें

-[नहीं]रिस्पर्टाइम (नहीं)
प्रति-अवशेष दूरियाँ लिखते समय, प्रत्येक समय बिंदु के लिए दूरी लिखें

-[नहीं]प्रिंट्रेसनाम (नहीं)
अवशेषों के नाम लिखें

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