जीएमएक्स-सोरिएंट - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-सोरिएंट - विलेय के चारों ओर विलायक अभिविन्यास का विश्लेषण करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स सोरिएंट [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-नहीं [<.xvg>]] [-- [<.xvg>]]
[-को [<.xvg>]] [आर सी [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-डीटी ] [-[अभी] [-xvg ] [-[नहीं]कॉम] [-[नहीं]v23]
[-रमिन ] [-आरमैक्स ] [-सीबीन ]
[-रबिन ] [- [नहीं] पीबीसी]

वर्णन

GMX sorient विलेय के चारों ओर विलायक अभिविन्यास का विश्लेषण करता है। यह बीच के दो कोणों की गणना करता है
प्रत्येक विलायक के पहले परमाणु के लिए एक या अधिक संदर्भ स्थितियों से वेक्टर
अणु:

· थीटा_1: विलायक अणु के पहले परमाणु से वेक्टर के साथ कोण
परमाणु 2 और 3 के बीच का मध्यबिंदु।

· थीटा_2: विलायक तल के सामान्य के साथ कोण, समान तीन द्वारा परिभाषित
परमाणुओं, या, जब विकल्प -v23 सेट किया गया है, परमाणुओं 2 और के बीच वेक्टर के साथ कोण
3.

संदर्भ परमाणुओं का एक समूह या परमाणुओं के एक समूह के द्रव्यमान का केंद्र हो सकता है। का समूह
विलायक परमाणुओं में प्रति विलायक अणु में 3 परमाणु होने चाहिए। केवल विलायक अणु
के बीच -रमिन और -आरमैक्स के लिए माने जाते हैं -o और -नहीं प्रत्येक फ्रेम.

-o: rmin<=r<=rmax के लिए cos(theta_1) का वितरण।

-नहीं: rmin<=r<=rmax के लिए cos(theta_2) का वितरण।

--: और <1cos(^3theta_2)-2> दूरी के एक फलन के रूप में।

-को: cos(theta_1) की दूरी r के भीतर सभी विलायक अणुओं का योग
3cos(^2(theta_2)-1) r के एक फलन के रूप में।

आर सी: r के फलन के रूप में विलायक अणुओं का वितरण

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xvg>] (सोरी.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-नहीं [<.xvg>] (खर्राटे.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-- [<.xvg>] (सॉर्ड.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-को [<.xvg>] (मैल.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

आर सी [<.xvg>] (scount.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-[नहीं]कॉम (नहीं)
संदर्भ स्थिति के रूप में द्रव्यमान के केंद्र का उपयोग करें

-[नहीं]v23 (नहीं)
परमाणु 2 और 3 के बीच वेक्टर का उपयोग करें

-रमिन (0)
न्यूनतम दूरी (एनएम)

-आरमैक्स (0.5)
अधिकतम दूरी (एनएम)

-सीबीन (0.02)
कोसाइन के लिए बिनविड्थ

-रबिन (0.02)
आर (एनएम) के लिए बिनविड्थ

- [नहीं] पीबीसी (नहीं)
द्रव्यमान गणना के केंद्र के लिए पीबीसी की जाँच करें। केवल तभी आवश्यक है जब आपका संदर्भ हो
समूह में कई अणु होते हैं।

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